雨水經過預過濾和存儲系統后，不需要進一步的處理就可用在外部景觀水、花園池塘。當雨水用在室內時，加強過濾和增加必要的消毒。例如沖洗廁所和洗衣服，使用沉淀物過濾器可以除去導致堵塞和損害閥門的懸浮物，而活性炭過濾器可以吸附可能導致變色和異味的有機物。洗澡、洗手或飲用，必須使用高強度的紫外線消毒器來殺滅導致疾病的微生物。所有的過濾和消毒設備應該zui大限度的提高性能并且減少維護的zui大型號。

紫外線消毒：典型的UV（紫外線）滅菌是由安裝在石英套管（一種不阻擋紫外線的特殊類型玻璃管）內的UV發光燈來完成的。這種組合zui后安裝在不銹鋼管內。UV能量理論上能夠殺死任何暴露在其下的水中微生物。一個好的紫外線消毒器還能時刻監測不銹鋼管內紫外光劑量。

比如有一種紫外線消毒器的設計：兩個紫外線燈管和石英套管安裝在一個干燥的外殼內。水流流經紫外線照射的地方，一個復雜的檢測系統能夠測量出紫外線燈的輸出劑量，并將其于水流量進行對比。去除較大的懸浮顆粒，讓紫外光達到zui大曝光，能夠使水中的微生物受到更多的紫外光照射。

紫外線消毒器用于雨水上的問題是，雨水雖然是一個相對品質較好的水源，但它含有溶解的有機物，鐵化合物，還有大量能夠吸收紫外線的磷酸鹽。這種紫外線能量傳輸的百分比，稱為UVT，而普通的紫外線消毒所需的zui小的UVT不能低于70%-75%.在比較少見的雨水消毒中，高強度殺菌器要達到殺菌消毒目的，UVT不能低于50%。

隨著時間的推移，在紫外線消毒器中石英套管反而會抑制紫外線的透射。簡單小型的紫外線殺菌器需要定期手動拆卸和清洗，這是一個比較麻煩的過程，也可能會破壞套管。帶有UV監測的紫外線消毒器也能夠反映出套管結垢問題。自動清洗型紫外線消毒器的特點是無需用戶操作，定時啟動紫外線消毒器內部套筒清洗刷，保證紫外線的穿透。