醫院污水從廣義上來說屬于生活污水，但是，醫院污水的特點是含病原菌。因此，醫院污水治理技術的重點是把好消毒關。醫院污水處理根據處理后的污水去向分為一級處理和二級處理。一級處理主要是采用物理方法取出污水中的懸浮物和物，并對污水和污泥進行消毒處理。二級處理則是要用生物處理的方法取出污水中的物，并對生化出水進行消毒處理。
大部分醫院的一體化醫院污水處理設備一般都是采用一級處理的方法，因為在二級處理中，生化設備的費用比較高，再說一般的醫院污水都是流進市政管網，在經過大型的污水處理廠進行集中處理。如果每個醫院都要進行生化處理的話，就造成了能源和資金的浪費，所以大部分的環保局并不嚴格要求轄區的醫院的污水進行生化處理。
醫院污水處理常用的消毒劑有：液LV、次氯酸鈉消毒液、二氧化氯消毒液、臭氧等多種消毒劑。從這幾種消毒劑的特點來看：液LV的費用，但是它是劇毒物品，一旦泄漏會產生很嚴重的后果，在人口密集的市區一般不能采用。臭氧的消毒效果好也不會有殘留有害物，可是在國內還沒有成熟的設備且設備價格很高、運行費用也很高，所以在國內很少有使用臭氧設備的。次氯酸鈉和二氧化氯在消毒效果上是二氧化氯要好一些，但目前國內使用在醫院污水處理工程中的二氧化氯設備都沒有成功的例子，原因是國內的二氧化氯設備不適宜醫院污水間歇式的消毒處理特點。化學法的二氧化氯運行費用有很高，用在醫院污水處理上不合算。在同樣可以達到消毒效果的前提下，采用次氯酸鈉發生器現場制作消毒液，同步投加到污水管網進行消毒，這種工藝用在醫院污水處理工藝上式比較合理的。
