雖然科學家們一直都知道細菌就是腸道微生物的主要組成部分，但是越來越多的研究發現這個過程十分復雜，不同生物體內的微生物有時能聯合起來一致對外，有時又會互相廝殺。一項研究表明一種新發現的原生動物能保護其宿主小鼠，不會受到腸道菌群的感染。
這一研究成果是一個偶然且重要的發現，研究表明分析微生物不能局限于細菌，這至關重要。我們時常忘記微生物其實并不僅僅就是細菌，這個概念包括細菌、病毒、真菌以及一些小型的原生動物等在內的一大類生物群體，之所以稱為微生物，是因為它們個體微小，與人類生活密切相關。因此微生物是比細菌更大的類群，記住這一點也許你也能獲得與Merad一樣的重要發現。
zui初研究人員意識到這一點是因為，他們發現他們自己培養的小鼠腸道中的免疫細胞，要比外面供應商買回來的小鼠腸道中免疫細胞要多。實驗室研究生想要看看這到底是為什么。所以他們對兩組小鼠進行了腸道清洗和研究，結果驚訝的發現西奈山本身培養的小鼠腸道中有鞭毛原生動物（flagellated protozoa，生物通譯），之后通過DNA測序，研究人員解析了這種原生動物，這是一種新的原生動物寄生蟲，他們將其命名為 Tritrichomonas musculis （T.mu）。
進一步的研究表明，當將這種原生動物加到原來沒有它的小鼠體內，這些小鼠也會增加腸道中的免疫細胞數量，以及炎癥細胞因子的數量。就此研究人員開始深入探討其中的分子機制，他們發現 T.mu 能激活小鼠腸道上皮細胞中的 炎癥小體（inflammasome ），從而激活細胞因子。炎癥小體是由胞漿內模式識別受體(PRRs)參與組裝的多蛋白復合物，是天然免疫系統的重要組成部分。此外研究人員還發現樹突狀細胞也是誘導炎癥反應的必需成分。
為了確定腸道中 T.mu 會影響小鼠抗擊感染的抵抗力，研究人員又用沙門氏菌感染小鼠，發現腸道中具有 T.mu 的小鼠對沙門氏菌感染具有*的抵抗力，這一物種的保護作用非常驚人。
T.mu與dientamoeba fragilis（脆雙核阿米巴）同源，后者是在許多人體腸道中都發現過的寄生蟲，不過研究人員并不清楚是否這種寄生蟲也具有相同的包含作用。
從發達國家去到新興城市旅游的旅客很容易出現腸道感染，這可能是原有土著人群腸道中存在原生動物，能保護他們。
對抗病原體的戰斗決定了人類的生死存亡，只有免疫系統更強的人才能存活下來。這可能就是微生物組參與進化的一大原因，因此找到能加強免疫力的菌群，并用于治療研發中，十分重要。
