EndoFree Plasmid Buffer Set將高效的內毒素去除步驟整合到質粒純化過程中，不需要額外步驟，也不需使用親和柱去除脂多糖。通過QIAfilter Cartridge過濾細菌裂解液，通過重力流QIAGEN-tip陰離子交換技術純化質粒DNA。

EndoFree Plasmid Kits去除細菌在裂解過程中釋放的內毒素，內毒素會影響原代細胞和敏感培養細胞的DNA轉染。從EndoFree Plasmid Kits得到的無內毒素DNA高度適用于可重復且結果可靠的轉染（參見Plasmid purification method versus transfection efficiency和Plasmid purity versus transfection efficiency及表"Endotoxin levels in plasmid preparations"和"EndoFree DNA yields high transfection efficiencies with primary cells"）。QIAGEN超純無內毒素DNA也適合基因治療研究和其他敏感應用。

純化的質粒DNA內毒素污染水平取決于所用的純化方法（參見"Endotoxin levels in plasmid preparations"）。硅膠技術純化的DNA具有非常高的內毒素水平。QIAGEN、QIAfilter、HiSpeed Plasmid Kits和兩次CsCl超速離心可獲得相對低水平內毒素的純DNA。EndoFree Plasmid Buffer Set包含完整的內毒素去除步驟，獲得<0.1 EU/µg的質粒DNA。

QIAfilter、HiSpeed和EndoFree Plasmid Kits提供的QIAfilter Cartridges是特殊設計的過濾裝置，用于代替細菌細胞堿裂解后的離心步驟。QIAfilter Cartridges可*去除SDS沉淀，清除細菌裂解液，相比離心可大量節約時間，減少1小時的質粒純化時間。QIAfilter Cartridges（不提供EndoFree Plasmid Buffer Set）可輕松有效的澄清細菌裂解液。

QIAGEN-tips中*的陰離子交換樹脂（不提供EndoFree Plasmid Buffer Set）專為核酸純化而開發。它的分離性能使得DNA純度與連續兩次CsCl梯度離心獲得的DNA純度相當。由重力流驅動并持續運轉的預裝QIAGEN-tips，zui大限度減少手動制備質粒所需的時間。整個QIAGEN質粒純化系統不使用有毒物質，如*，氯仿，溴化乙錠和CsCl，zui大限度地減少對用戶和環境的危害。

內毒素，又稱脂多糖或LPS，是革蘭氏陰性菌細胞膜的組成部分，如大腸桿菌（參見Bacterial cell wall）。內毒素在質粒裂解純化過程中釋放，并顯著地降低對內毒素敏感的細胞株的轉染效率（參見Plasmid purification method versus transfection efficiency和Plasmid purity versus transfection efficiency）。此外，內毒素與DNA競爭“自由”轉染試劑，影響轉染實驗。內毒素也誘導巨噬細胞和B細胞等免疫細胞中的非特異性免疫反應，從而導致轉染結果的誤讀。這些反應包括誘導蛋白質和脂類，如IL-1和前列腺素的合成。總體而言，內毒素在轉染實驗中是不可控變量，影響結果的可重復性，使它們難以對比、解讀。在基因治療研究中，內毒素可造成內毒素休克綜合癥和激活補體級聯，干擾研究。

在堿性條件下，細菌細胞裂解，使用QIAfilter Mega-Giga Cartridge清除粗裂解物。將Endotoxin Removal Buffer加入到過濾后的裂解液中。冰浴后，將純凈的裂解物上樣到陰離子交換柱上，在適當的低鹽和pH條件下，質粒DNA選擇性結合。用中鹽緩沖液清除RNA、蛋白質、代謝產物和其他低分子量雜質，超純質粒DNA被高鹽緩沖液洗脫（參見QIAGEN Plasmid Kit procedures）。DNA由異丙醇脫鹽、沉淀并且離心回收。

使用EndoFree Plasmid Kits純化的DNA適合多種敏感的應用，包括：

轉染，包括原代、敏感和懸浮細胞的轉染

基因治療研究 

基因沉默 

顯微注射