臭氧水箱自潔消毒器、水箱消毒器、水箱自潔器過程中也可能產生一些有害副產物，直接影響水的化學安全性。有機副產物以醛類為代表(甲醛zui常見)，癌癥研究機構(IRAC)將其列為可能致癌物，世界衛生組織(WHO )和日本的飲用水水質標準分別規定甲醛上限濃度為900 μg/L和80 μg/L。無機副產物以溴酸鹽為代表，IRAC也列其為可能致癌物，1993年WHO規定溴酸鹽的zui大污染物濃度為25 μg /L，美國*將其zui大污染物濃度限制為10 μg/L。采用臭氧水箱自潔消毒器、水箱消毒器、水箱自潔器工藝的水廠出水中溴酸鹽濃度普遍較高，法國被調查的4個自來水公司的水廠中，20%的水廠出水溴酸鹽濃度達到或超過10 μg/L；美國被調查的11個水廠的溴酸鹽濃度在5～60 μg/L之間。國外的研究表明，在臭氧投加量1.5 mgO₃/L、進水TOC為3.0 mg/L左右的條件下，甲醛和乙醛平均生成量分別為40 μg/L和15 μg/L左右。

大量研究表明，臭氧化會改善水的可生化性，增加水中有機營養基質的含量，具體表現為水的生物可同化有機碳(AOC)和可生物降解的溶解性有機碳(BDOC)濃度升高，影響程度也與原水水質、臭氧化條件有關。雖然殘余消毒劑可在一定程度上限制管網中的細菌生長，但在有機營養基質濃度較高時，細菌仍會再度繁殖，并附著生長在管壁上形成生物膜，增加水中細菌總數，況且有些細菌危害性更大，從一定程度上影響自來水的微生物安全性。

目前常規處理工藝去除有害臭氧化副產物的研究很少，更無現成經驗可借鑒，這又提出了新的臭氧水箱自潔消毒器、水箱消毒器、水箱自潔器應用問題。

臭氧水箱自潔消毒器、水箱消毒器、水箱自潔器技術可用于脫色除臭、控制氯化消毒副產物、去除藻類和藻毒素、助凝和助濾、初步去除或轉化污染物等，但臭氧化學不穩定性使其對水質的改善程度取決于原水水質和臭氧化條件，同時臭氧水箱自潔消毒器、水箱消毒器、水箱自潔器過程中會產生一定的醛類、溴酸鹽等有害副產物，并使出水AOC含量升高，需相應的后續處理環節加以配合。今后宜結合具體水質問題和經濟條件統籌決定是否采用預技術，臭氧投加量可根據具體水質凈化目標在0.5 mgO₃/mgTOC的基礎上適當調整，臭氧與過氧化氫聯用等氧化技術以及臭氧化與后續處理環節的優化值得進一步研究。