藻類問題普遍存在于世界各國的水處理實踐中。藻類含量高時會影響混凝和沉淀，增加混凝劑量；堵塞濾池，縮短濾池過濾周期；致臭并產生藻毒素，和氯作用形成氯化消毒副產物，降低飲用水安全性。預臭氧化作用之一是溶裂藻細胞，二是殺藻，使死亡的藻類易于被后續工藝去除。水箱消毒器、水箱自潔器、水箱自潔消毒器的臭氧投加量直接影響藻細胞的溶裂程度。

James Ashish Paralkar等對小球藻的研究結果表明，投加3 mg O₃/L才開始溶裂藻細胞，投加8 mgO₃/L才明顯溶裂藻細胞。增大水箱消毒器、水箱自潔器、水箱自潔消毒器的臭氧的投加量可改善除藻效果，南非Wiggins水廠以高藻水庫水為原水，在原水微藍藻含量為38.9萬個/L的情況下，投加3.2 mgO₃/L，5.0 mgO₃/L，7.6 mgO ₃/L預氧化時的除藻率分別為39%，58%，90%。

深圳水司的研究結果表明，在原水含藻量160萬個/L時，投加1.5 mgO₃/L預氧化可使除藻率達到42%，并且水箱消毒器、水箱自潔器、水箱自潔消毒器的臭氧和過氧化氫聯用可使濁度和藻類的去除效果同步提高。預臭氧化可作為除藻的一種預處理方法，它和常規處理及其它技術配合使用是處理富營養化水源水藻類問題的有效途徑之一。

藻毒素正成為藻類污染問題的另一重點，在一定條件下水箱消毒器、水箱自潔器、水箱自潔消毒器的臭氧化可有效去除某些藻毒素，具體去除率主要取決于臭氧投加量，其次取決于原水水質(藻毒素類型、有機物性質及濃度、堿度等)。J.Rositano等報道，在藻毒素含量同為20 μg/L時，只要保證接觸5 mi n后水中存在殘余臭氧，即可將LR，LA型藻毒素*去除；而念珠藻毒素-a的全部去除須保證5 min后水中殘余臭氧0.06 mg/L。

雖然國外已就臭氧化去除藻毒素進行了一定研究，但去除藻毒素的機理尚不明了，關于水箱消毒器、水箱自潔器、水箱自潔消毒器的臭氧投加量的系統研究也較為缺乏。