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生物芯片、基因表達矩陣分析(Array Analysis)、定量RT-PCR等實驗

閱讀:644發布時間:2013-4-3

一旦生物樣品被收集采摘,它的RNA會立刻變得非常不穩定,極易被降解。由于特異及非特異的RNA降解,或者由于應激反應產生新的RNA都會引起RNA狀態的改變。對于生物芯片、基因表達矩陣分析(Array Analysis)、定量RT-PCR等實驗來說,采樣后立即穩定樣品里的RNA以保存當時RNA的表達狀態,是/定量研究基因表達分析的重要前提。為了達到這個目的,往往需要將液氮或者干冰帶到采樣現場,采樣后立即運回實驗室保存。對于實驗者來說,無論是采樣還是將樣品取出以抽提RNA都非常不方便。QIAGEN公司推出的RNeasy Protect Kits提供一種RNAlater RNA Stabilization Reagent,只要在采樣后立即加入這種試劑,即可保護樣品中的RNA完整而不被降解。在RNAlater中的樣品RNA可以在37度下穩定保存1天,或者在18—25度保存7天,2—8度穩定4周,或者在-20度*保存。這種技術為在不同溫度下采樣,運輸和保存樣品提供了極大的方便,特別適用于各種動物組織、培養細胞、細菌、白細胞,但必須說明的是它不適用于全血或體液中RNA的保存。

    RNAlater的用法非常簡單,只要在采樣后立即將樣品*浸入適量(10ul/1mg組織)的RNAlater中即可。取樣的動作要盡量快速利索,組織樣品的大小以不超過0.5公分厚為宜,對于一些小的組織如小鼠的脾、腎等器官則可以整個取出浸入溶液中,較大的則應切開為厚度小于0.5公分的小塊,以確保RNAlater能迅速擴散滲透入組織塊中的所有細胞中。采樣的容器應該足夠大以容納10倍于組織重量的溶液,避免組織塊擠在一起,同時建議將溶液加滿容器以避免在運輸過程中組織塊露出液面。注意本試劑只適用于新鮮樣品,對于冷藏和包埋的樣品請選用RNeasy Kit。

    保存后的樣品可以直接用于RNA或者mRNA的抽提。RNAlater不會影響組織塊的結構,可以在室溫下切出適量的組織塊用于稱量和抽提RNA,剩下的部分可用于繼續保存樣品。-20度凍存的樣品可以取出在室溫下進行稱量等操作而無需干冰。在-20度凍存的樣品反復凍融20次RNA依然保持完好無損。RNAlater處理的樣品比新鮮組織稍微硬一點,但對不會影響勻漿過程。取出適量的樣品即可開始加RLT緩沖液進行勻漿化。和傳統的RNeasy Kit一樣,RNeasy Protect Kits采用硅膠膜純化柱技術,迅速特異地吸附樣品裂解液中的RNA,經過洗滌除去各種雜質,不用酚氯仿抽提,不用乙醇沉淀或LiCl沉淀,也不用CsCl超離,只要洗脫即可得到純的RNA,樣品量根據樣品量、所選的試劑盒型號可達100微克,或者1毫克,甚至6毫克。

    通常情況下RNeasy的純化技術足以除去絕大部分的DNA,而無需額外進行DNaes處理,但是對于一些對痕量DNA非常敏感的實驗,用RNase-Free DNase Set(QIAGEN cat.no.79254)可以直接在純化柱上消化DNA殘留,在隨后的洗滌步驟中除去DNase,zui后洗脫得到不含DNA的純RNA。


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