FFPE樣品制備和分析寶典（二）
閱讀：493發布時間：2013-3-26
*福爾馬林固定、石蠟包埋（FFPE）組織切片的存檔代表了珍貴且來源廣泛的生物醫學研究材料。隨著越來越多的研究人員轉向FFPE樣品的分子分析，開發特定的操作步驟，考慮這些樣品的*性質就變得越來越重要。二、從FFPE樣品中提取有用分析物的的關鍵因素
從FFPE樣品中純化DNA、RNA和蛋白時，目前存在一些主要困難。首先，這些生物分子彼此交聯。交聯程度和不可逆交聯的比例取決于，或部分取決于，福爾馬林固定的持續時間。其次，核酸常常嚴重片段化，這取決于FFPE樣品如何制備和保存。第三，由于FFPE樣品很珍貴，故只有有限的材料可用于分析物純化和下游分析。因此，所用的純化步驟必須是的，盡可能多地回收有用的分析物。本章介紹了從FFPE樣品中純化DNA、RNA和蛋白的*挑戰，以及如何zui有效地克服它們。
1脫蠟
從FFPE樣品中純化核酸和蛋白之前，需要開展脫蠟。在此過程中，先溶解石蠟，然后去除，暴露樣品，用于后續裂解緩沖液和蛋白酶K（如果合適）的處理。多種溶劑適用于脫蠟，而溶劑的選擇取決于后續開展的純化步驟。
對于DNA或RNA的純化，包括用蛋白酶K消化樣品，讓核酸與硅膠模結合，可選擇各種疏水溶劑用于脫蠟。具體包括二甲苯、庚烷和*。對于FFPE樣品的蛋白純化，如果蛋白用于westernblotting等下游應用，二甲苯脫蠟很合適。不過，對于2D-PAGE等苛刻應用，只能使用庚烷，才能確保非常的脫蠟。
從FFPE樣品中純化DNA或RNA之前，使用QIAGEN的新型脫蠟溶液，可實現更為方便的脫蠟。在加入FFPE樣品之后，溶液仍在樣品上，同時可開展蛋白酶K消化。在加入脫蠟溶液后無需沉淀FFPE樣品，也無需去除包含石蠟的上清。因此避免了脫蠟過程中損失樣品的風險。
作為溶劑法的替代，石蠟也可通過加熱與FFPE樣品分離：熔化后，石蠟冷卻，取決于其用量，石蠟粘在管壁上，或在樣品上形成一個固體層。
福爾馬林交聯限制了生物分子的純化福爾馬林固定對DNA、RNA和蛋白的影響。福爾馬林固定導致核酸之間、蛋白之間以及核酸和蛋白之間的交聯。固定時間越長，交聯程度越大。
2基因組DNA的純化
由于FFPE樣品包含的DNA分子會彼此交聯，并與RNA和蛋白分子交聯，故這些交聯必須斷裂，才能釋放出DNA用于后續純化。如果可能的話，因交聯而引起的化學修飾也應當逆轉，因為化學修飾的DNA不能在純化過程中回收，而且在PCR或其他酶學分析中是一個不佳的底物。然而，在斷裂交聯和逆轉化學修飾時必須小心，因劇烈的反應條件可能導致DNA的進一步片段化。
QIAamp®DNAFFPETissueKit提供了一個克服交聯的有效方法，此試劑盒是特別為FFPE樣品的基因組DNA純化而設計的。樣品先用蛋白酶K在56°C處理1小時，這一步通過消化交聯蛋白而釋放DNA。接著是優化緩沖液中的90°C孵育，這可部分逆轉交聯：在孵育過程中，氨基之間的亞甲基橋斷裂，且釋放出的甲醛分子與受體分子結合。
盡管過度加熱會導致DNA降解，但QIAGEN的研究表明，在90°C孵育1小時可實現可分析基因組DNA的*回收（圖7和8）。數據還顯示，56°C的1小時孵育加上90°C的1小時孵育使蛋白酶K過夜孵育不再成為必需。基因組DNA的*回收。大鼠肝臟的FFPE切片用蛋白酶K在56°C處理1小時，之后按圖中所示的條件孵育。作為對照，一個樣品與蛋白酶K在56°C孵育過夜。利用QIAampDNAFFPETissueKit純化基因組DNA，并利用分光光度計確定DNA產量。與80°C孵育和56°C的過夜孵育相比，90°C孵育實現了DNA的更佳回收。從FFPE組織中回收可用的基因組DNA。大鼠肝臟的FFPE切片用蛋白酶K在56°C處理1小時，之后按圖中所示的條件孵育。利用QIAampDNAFFPETissueKit純化基因組DNA，并用QuantiTect®SYBRGreenPCRKit和Pmp2基因特異的2對不同引物開展SYBRGreen®法實時定量PCR。生成的擴增子為78bp或464bp。90°C孵育產生的CT值比80°C孵育更低：這表明更高溫的90°C孵育在逆轉交聯上更為有效，提供了更多有用的DNA，供實時定量PCR分析之用。作為對照，一個樣品與蛋白酶K在56°C孵育過夜。
在2步孵育之后，DNA可利用QIAampMinElute®離心柱純化：在硅膠模上分離DNA，洗滌以去除污染，之后以20-100μl的小體積洗脫。另外，當DNA與硅膠模結合之前，也可開展樣品的RNaseA消化。如果DNA的下游應用對RNA污染敏感，則需要這一步。如果純化的DNA需要通過分光光度計定量，也需要RNaseA消化，因為RNA污染也會貢獻吸光值讀數，導致DNA產量的過高估計。為了提高標準化和便利性，QIAampDNAFFPETissueKit所開展的DNA純化必要時也可在QIAcube®上自動開展。
盡管*的裂解和孵育條件可從FFPE樣品中釋放DNA，部分逆轉甲醛修飾，但對于純化后DNA的下游分析，仍有一些限制。首先，固定過程中的化學修飾可能引入不想要的序列變化，降低DNA穩定性和酶學分析的效率，讓A260/A280的純度分析變得困難。其次，由于FFPE樣品中的DNA隨時間而逐漸片段化，故只能分析短序列（例如在PCR應用中，應當設計產生短擴增子的引物）。此外，較短的DNA段可能導致DNA產量的過高估計，因吸光值讀數更高。3全基因組擴增
FFPE樣品的珍貴特性意味著只有少量DNA能夠純化，這限制了我們能夠開展的分子分析的數量。DNA樣品量的增加可通過全基因組擴增（WGA）來實現，其中整個基因組是利用一種高度進行性的DNA聚合酶擴增的。然而，從FFPE樣品中片段化的DNA開始時，這是一個挑戰。
REPLI-g®FFPEKit采用了一種改進的WGA方法，實現了FFPE樣品中基因組DNA的擴增，且不需要預先的DNA純化。片段化DNA先隨機連接，形成更高分子量的DNA分子。隨后利用一種高度進行性的DNA聚合酶來開展WGA。盡管DNA段未按照正確的順序拼接，但假如分析方法稍作修改，還是能在某些應用中實現可靠的DNA分析。例如，如果引物設計成產生盡可能短的擴增子，那么可開展PCR和實時定量PCR分析（圖9）。盡管數據顯示了358bp片段的成功PCR擴增，但我們建議PCR分析的擴增子在100bp左右，因為FFPE樣品中的DNA嚴重片段化，且甲醛修飾會減少可讀取DNA序列的長度。利用FFPE組織中的基因組DNA開展的可靠PCR和實時定量PCR。A6個人肝臟FFPE樣品（11年）經過REPLI-gFFPEKit的全基因組擴增。產生的DNA樣品隨后用于終點PCR，利用QIAGENFastCyclingPCRKit在Eppendorf®Mastercycler®epgradientS上開展，以擴增358bp的序列。1-6：DNA樣品；N：無模板對照；M：marker。B2個人肝臟FFPE樣品（11年）經過REPLI-gFFPEKit的10次獨立全基因組擴增反應。隨后利用QuantiFastSYBRGreenPCRKit和Stratagene®Mx3005P®循環儀開展實時定量PCR，以擴增100bp的序列。
4亞硫酸氫鹽轉化
表觀遺傳學DNA甲基化分析中的*步是開展亞硫酸氫鹽轉化，其中未甲基化的胞嘧啶被轉化成*。由于甲基化的胞嘧啶不受亞硫酸氫鹽轉化的影響，故可通過PCR或實時定量PCR來檢測，或焦磷酸測序（Pyrosequencing®）來檢測和定量。然而，亞硫酸氫鹽轉化需要在高溫和低pH值下孵育，因此可能發生DNA的片段化。在研究來自FFPE樣品的早已嚴重片段化的DNA時，這可能是個問題。
EpiTect®PlusFFPEBisulfiteKit具有一些*之處，可實現FFPE樣品中DNA的*回收，并提供zui大程度的亞硫酸氫鹽轉化，而不會導致DNA進一步降解。首先，此試劑盒采用一種優化的脫蠟步驟，它能zui大限度地減少操作，節省時間，并盡可能提高DNA產量。在脫蠟之后，樣品先用蛋白酶K在56°C處理30分鐘，通過消化交聯蛋白而釋放DNA。之后在一種新穎的緩沖液中95°C孵育1小時，以部分逆轉交聯：在孵育過程中，氨基之間的亞甲基橋斷裂。盡管過度加熱會導致DNA降解，但QIAGEN的研究表明，在95°C孵育1小時可實現基因組DNA的*回收，DNA無需進一步純化，可直接用于亞硫酸氫鹽轉化步驟。通過創新的DNA保護技術，可防止亞硫酸氫鹽轉化過程中的化學DNA降解。FFPE樣品中的DNA經亞硫酸氫鹽轉化之后的PCR分析。利用EpiTectPlusFFPEBisulfiteKit或供應商Z的同類試劑盒從大鼠FFPE肝臟組織（10μm）中純化DNA。A利用PyroMark®PCRKit開展終點PCR，以檢測的基因。瓊脂糖凝膠分析表明，利用EpiTectPlusFFPEBisulfiteKit純化得到的模板，比同類試劑盒相比產量更佳且高度一致。B利用QuantiTectSYBRGreenPCRKit開展實時定量PCR反應，以檢測GSTP基因的2個大小不同的擴增子（156和279bp）。每個反應在4個樣品上開展，重復三次。左邊的擴增子曲線表明，利用EpiTectPlusFFPEBisulfiteKit純化得到的模板，兩個擴增子的CT值都較低，且結果高度重復。而利用同類試劑盒純化得到的模板，只有156bp片段成功擴增，且CT值較高（右）。
