為了保證尿液檢驗結果的準確性，必須正確收集尿液標本和保存。，盛尿容器要清潔干燥。使用一次性的容器（如塑料尿杯），避免因用藥并清洗不干凈而造成的污染，影響檢驗結果。尿液標本必須新鮮，留取后，應及時送檢，以免細菌繁殖。并應于留尿半小時至一小時內查完，因在室溫中久置后（尤其是夏季）尿中磷酸鹽等可析出結晶而干擾顯微鏡檢查。某些化學物質，如尿膽原，可因光分解或氧化而減弱。
    不同時間收集的尿液，因有不同程度的稀釋，有形成分檢出率較低，檢驗結果常相差較大。一般試驗可隨意留取任何時間的尿液，但以清晨尿為佳，一般留取100毫升左右即可，特殊化驗時，應按特殊要求留取。一般留取24小時尿時，需上午8時囑病人排盡尿，棄去。然后將尿全部收集，直至次日上午8時整，讓病人排空膀胱中的尿液，并收集在一清潔干燥的大容器中（若留取12小時尿液時，一般應在晚8 時至早8時這段時間較好），充分混勻后測量24小時（或12 小時）尿總量，并記錄，再取100毫升～200毫升尿置清潔干燥容器內送檢。同時將24小時（或12小時）尿總量報告化驗室。凡尿液化學成分的定量檢查，如尿糖、尿蛋白、尿17 羥皮質類固醇及17羥酮類固醇等定量，大多用24小時尿標本。做尿糖檢查時：應留空腹尿，否則應注明進餐后留尿時間，其它特殊化驗，應按試驗要求留取標本，如酚紅排泄試驗等。
    對女性病人（無論成人或幼女）先清洗外陰后再留標本，以防陰道分泌物污染尿液。月經期間不宜留取尿液化驗；男性病人留尿時，則須避免前列腺液和精液的污染。如欲進行尿培養時，則應用滅菌試管留取尿液，女性應先清洗外陰，并用消毒液消毒尿道口，留取中段尿于滅菌試管內。男性病人應事先用消毒液消毒陰莖、龜頭和尿道口，然后留取中段尿于滅菌試管內。尿培養留取標本要求無菌手續較嚴格，不然造成污染雜菌影響化驗結果。一般尿培養留取標本，在醫院治療室由護士指導進行。
    尿液標本的保存：一般尿液檢驗應及時檢查新鮮標本，如不能及時檢查，或作某些特殊試驗需留取大量標本時，放入4℃冰箱保存，若無條件應根據檢查目的適當加入防腐劑。甲苯或二甲苯可阻止細菌污染，以延緩尿液中化學成分的分解。常用于尿糖、丙酮、乙酰乙酸等化學成分測定標本保存。一般于尿液表面加甲苯或二甲苯2～3毫升使成一薄層。甲醛（即福爾馬林）可抑制細菌生長，并可固定尿中的細胞和管型以利保存。甲醛用量為100毫升尿液中加入約 0.5毫升即可。因甲醛有還原性醛基，不適于糖。 17羥皮質類固酵，17酮類固醇等化學成分的檢查。*，有防腐作用，常用于尿結核菌檢查。另外，留24小時尿液標本時，還可在盛尿容器中加5毫升濃鹽酸，此法適用于測定腎上腺素、兒茶酚胺、17羥類固醇和17酮類固醇等。