“F1000（Faculty of 1000 Medicine）”又名“千名醫(yī)學(xué)家”，是由美國哈佛大學(xué)和英國劍橋大學(xué)等*2500名*醫(yī)學(xué)教授組成的機構(gòu)。其中近期zui受關(guān)注的七篇基因組學(xué)研究論文如下：

X. Argout, et al., "The genome of Theobroma cacao," Nature Genetics, 43:101-8, 2011.

來自法國和美國的研究人員利用454、Illumina和Sanger測序獲得了可可樹（Theobroma cacao）的基因組草圖。這種重要的經(jīng)濟作物正是美味巧克力的來源。研究人員拼接出76%的可可基因組，并鑒定出28,798個蛋白編碼基因。

研究小組使用的是全基因組鳥槍法策略，產(chǎn)生了26 Gb原始數(shù)據(jù)。利用這些原始數(shù)據(jù)，他們用羅氏的Newbler軟件完成了拼接，其中包含25,912個contigs和4,792個scaffolds。拼接的總長度為326.9 Mb，占可可基因組預(yù)計大小（430 Mb）的76%。

真菌和oomycete疾病是*可可種植的主要限制，尋找天然的抗病基因也是可可育種計劃的主要目標(biāo)之一。研究人員鑒定出兩類抗病基因，發(fā)現(xiàn)許多抗病基因的QTL位點存在關(guān)聯(lián)。

研究人員還發(fā)現(xiàn)了編碼可可脂生產(chǎn)的基因。可可豆中含有50%以上的可可脂，但84個基因控制了可可脂的量而不是質(zhì)。其他重要的基因也被發(fā)現(xiàn)，如味道、天然抗氧化劑、香氣、激素、色素等。改變這些基因可能產(chǎn)生味道更佳的巧克力，甚至更健康的巧克力。

V. Shulaev, et al., "The genome of woodland strawberry （Fregaria vesca）," Nature Genetics, 43: 109-16, 2011.

來自五大洲的聯(lián)合研究小組利用高通量測序平臺的組合，繪制出了野草莓（Fragaria vesca）基因組的草圖。

研究小組使用了羅氏454、Illumina和Life Technologies的SOLiD平臺對野草莓亞屬“夏威夷4”的2.4億個堿基對的基因組進行了測序，覆蓋度達39倍。隨后他們利用Illumina測序?qū)⒉葺蛄泄羌埽╯caffold）拼接成7個假染色體，以追蹤基因組中的SNP標(biāo)志物。

研究人員還預(yù)測了34,809個蛋白編碼基因，其中包括25,000個目前已注釋的基因。與味道、營養(yǎng)價值和開花時間這些重要性狀相關(guān)的基因也被鑒定出。他們還檢測到569個tRNA，76個microRNA，許多其他RNA，以及數(shù)千個轉(zhuǎn)座元件，這些占基因組的五分之一以上。

G. Suen, et al., "The genome sequence of the leaf-cutter ant Atta cephalotes reveals insights into its obligate symbiotic lifestyle," PLoS Genetics,7（2）:e1002007, doi:10.1371/journal.pgen.1002007, 2011.

在這篇論文中G. Suen等完成了對切葉蟻的基因組測序。研究人員證實切葉蟻基因組缺失了幾個與營養(yǎng)獲得相關(guān)的基因，從而深入揭示了切葉蟻共生生活方式的基礎(chǔ)。

Y. Wurm,et al.,"The genome of the fire ant Solenopsis invicta," PNAS, DOI: 10.1073/pnas.1009690108, 2011.

C.R. Smith, et al., "Draft genome of the red harvester ant Pogonomyrmex barbatus," PNAS, DOI: 10.1073/pnas.1007901108, 2011.

兩個小組分別完成了對火蟻和紅色收獲蟻的基因組測序。

D.P. Locke, et al., "Comparative and demographic analysis of orang-utan genomes," Nature, 469: 529-33, 2011.
美國華盛頓大學(xué)醫(yī)學(xué)院的科學(xué)家領(lǐng)導(dǎo)的一個科研小組完成了紅毛猩猩的基因組測序，紅毛猩猩成為繼人類和黑猩猩之后第三個基因組成功測序的猿類。

科學(xué)家們驚奇的發(fā)現(xiàn)，紅毛猩猩的DNA改變程度如此之小，遠遠小于人類和黑猩猩的DNA變化。紅毛猩猩起源于約1200萬至1600萬年前，而人類和黑猩猩則起源于約500萬至600萬年前，所以紅毛猩猩進化的時間更久。但是對這三種猿的基因組對比中發(fā)現(xiàn)，人類和黑猩猩得到或缺失的基因卻為紅毛猩猩的二倍多。

洛克和他的同事對六個蘇門答臘猩猩和五個婆羅洲猩猩進行了測序，先前的研究估計他們在100萬年前進化成為不同的物種。但是根據(jù)這篇1月26日的Nature文章報道，他們僅在40萬年前才進化為不同的物種。華盛頓大學(xué)結(jié)構(gòu)遺傳學(xué)家Devin Locke說，先前的研究是建立在小部分基因組的數(shù)據(jù)之上的，當(dāng)擁有全部的紅毛猩猩基因組數(shù)據(jù)的時候，這一切的分析變得更加的容易。

J.K. Colbourne, et al., "The ecoresponsive genome of Daphnia pulex," Science, 331: 555-61, 2011.
由美國印第安納州大學(xué)的科學(xué)家領(lǐng)導(dǎo)的一個由多家研究機構(gòu)科研人員組成的研究小組完成了對水蚤的基因組測序。

研究人員在新研究中發(fā)現(xiàn)，這種極其細小的淡水蝦的親緣生物的基因組中充滿了各種基因。它有著比其他已知的所有動物的基因序列還要多的基因。研究人員證實，相比人類包含23000個左右的基因，在水蚤的DNA中包含了大約31000個基因；而且它只有相對較少的非編碼DNA。研究人員發(fā)現(xiàn)水蚤能擁有如此多的基因數(shù)量主要是因為水蚤具有很高的基因重復(fù)率。其基因重復(fù)率大概是其他無脊椎動物的三倍，比人類多出30%。并且其中超過三分之一的基因為水蚤世系所*，這對科學(xué)界而言無疑意味著全新的科學(xué)領(lǐng)域。

 進而科學(xué)家們對水蚤基因家族共表達在代謝信號途徑中的相互作用開展進一步研究證實這些重復(fù)基因并非隨機存在。不同環(huán)境條件下的基因表達分析結(jié)果表明大量的旁系同源基因在發(fā)生基因重復(fù)后獲得了不同的表達模式。那些水蚤特異性基因均對生態(tài)環(huán)境的改變極度敏感。

這一研究標(biāo)志著科學(xué)家們*次獲得了甲殼動物的完整基因組序列。研究結(jié)果表明這個看似簡單，有著透明身體、關(guān)節(jié)和四肢、復(fù)眼結(jié)構(gòu)以及簡單神經(jīng)和循環(huán)系統(tǒng)的小生物不僅擁有非常龐大的基因組，并且具有很多神奇之處。

“Faculty of 1000 Biology”創(chuàng)辦于2002年1月，是一種在線科研評價系統(tǒng)，其推薦原則立足于論文本身的科學(xué)意義而非發(fā)表在什么雜志上。該系統(tǒng)根據(jù)2300多名資深科學(xué)家的意見，提供對近期發(fā)表的生物科學(xué)論文的快速評論，目的是幫助廣大科研人員遴選和發(fā)現(xiàn)有價值的研究工作。該機構(gòu)專家根據(jù)論文對當(dāng)前世界生物醫(yī)學(xué)和臨床實踐的貢獻程度和科學(xué)價值，每年對SCI文章總數(shù)不足千分之二的精品醫(yī)學(xué)論文進行推薦和點評，并賦予“F1000論文”稱號向醫(yī)學(xué)界推薦，涵蓋了醫(yī)學(xué)各個學(xué)科，是一項很高的學(xué)術(shù)榮譽。

來源：生物通