由主機產生高頻電場對水進行處理，使原有的大締合體狀態水的結合鍵被深度打斷，離解成活性很強的單分子或小締合體狀態的水，從而改變了水的物理結構與特性，增強了水分子的極性，增大了水分子的偶極矩，提高了水分子對鈣鎂離子、碳酸根離子等成垢組份的水合能力，起到阻止水垢形成的作用。同時，在變頻電磁場的作用下，使原有的水垢結晶體逐漸變得松軟、脫落、溶解，從而達到除垢之目的。
高頻電磁場水應用于防垢，是由于存在大量的“離子締合體”或“顆粒締合體”，在水溶液中提供了大量的結晶核心。結晶核心越多，生成的結晶數量也越多，水垢結晶的線性尺寸就越小。此外，由于單個或雙氫聯結的水分子數量增多，水分子的活動更“自由”，它占據水溶液的其它空隙，象形成極薄的膜一樣，因而阻礙晶體生長，促使水垢結晶線性尺寸減小，使水垢呈松軟的細小顆粒，隨排污水排除。 
        氧化腐蝕和垢下原電池腐蝕是水系統管道及設備腐蝕和生銹的主要原因，而在高頻電磁場作用下，水垢得以控制和去除，溶解氧與水分子結合不易析出，從而抑制氧化腐蝕和垢下原電池腐蝕的發生，起到良好的防腐阻銹的作用。
        另外，高頻電磁場使細菌、藻類賴以生存的環境被破壞，并且溶解氧在高頻電磁場的作用下形成一些如03、H202等對細菌、藻類具*殺傷力的物質，起到殺菌滅藻的作用。