隨著育種技術的發展, 越來越多的優良品種為農業高產、穩產做出了重大貢獻, 這些優良品種深受廣大農民的歡迎。近年來, 一些不法分子單純追求經濟利益大量銷售假冒偽劣種子, 致使農業減產甚至絕收, 給國家和農民造成了重大經濟損失。因此, 研究一系列快速高效的種子檢驗技術成為近年的一大研究熱點。近幾年來, 隨著生化分析和分子生物學技術的迅速發展, 作物種子純度檢驗方法已由外觀形態鑒定發展到生理生化水平和分子水平上的鑒定。
　　根據種子形狀、大小、色澤、質地、表面的光與毛以及種子外表各部位的特征來加以鑒別, 以區分本品種與異品種。該法簡單、經濟、快速, 但準確性較差, 且隨著現代育種科學的發展, 不同品種間種子外觀形態的差異越來越小, 因此靠區別種子形態上的差異來鑒定種子純度也變得越來越困難。該法是指利用電泳技術對備檢樣品的種子或幼苗的蛋白質進行分離、染色, 形成蛋白質電泳譜帶的差異, 并與標準品種相比較, 從而鑒定品種的真實性和純度的一種方法。不同作物品種, 基因不同, 基因的直接表達產物———蛋白質在種類、數量、結構等方面亦不同。
　　不同組織、不同發育時期, 同工酶的數量和組成不同。利用同工酶鑒定種子純度所用材料多為幼苗, 而將種子萌發為幼苗不光費時, 還往往因為種子在萌發進程上的不*而導致檢驗結果偏差較大。所用電泳技術包括聚丙烯酰胺凝膠電泳、淀粉膠電泳及等電聚焦電泳等。值得注意的是, 對于某些遺傳組成非常接近的品種, 如保持系和不育系, 不易找到特異蛋白, 采用蛋白質電泳難以發現特征帶。另外, 蛋白質電泳圖譜易受種子( 或幼苗) 發育階段及表達器官的影響, 有時不夠穩定, 影響了圖譜分析, 從而影響了鑒定結果的準確性。
　　并且在有些親緣關系較近的作物品種間如水稻中能檢測出的多態性位點較少, 這些缺點限制了該技術在作物種子純度檢驗中的應用。目前國內外將該技術應用于種子純度檢驗方面的報道較少。種子純度檢驗技術已由傳統的形態學方法發展到分子水平, 其方法是由簡單到復雜, 結果也更加精確。每一種方法都有其自身的優缺點, 至今還沒有哪一種方法能夠比較全面、準確、快速、經濟地進行種子純度檢驗。與其他方法相比, DNA 分子標記技術具有豐富的多態性, 準確性高, 重復性好, 無器官發育時期的特異性, 不受環境影響, 但所需儀器精密,藥品昂貴, 程序復雜, 離普及和應用尚有距離。因此,在進行具體的種子純度檢測時, 應視具體情況靈活掌握, 將傳統的形態鑒定方法、現代生化方法和分子標記技術結合起來, 充分發揮綜合技術優勢, 方能達到準確、經濟、快速的目的。
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