毛細管電泳技術及應用：
毛細管電泳技術具有高效、快速、成本低、應用模式多等顯著優勢，因此被廣泛地應用于生物、化學、醫藥行業的科學研究及工業生產中。毛細管電泳技術的分離范圍覆蓋了從離子、化合物等小分子，到蛋白、核酸、糖類等大分子甚至細胞和病毒等。尤其在離子、堿性藥物、蛋白等極性化合物的分離中，更顯示出特別的優勢。毛細管電泳技術正在逐漸替代傳統平板凝膠電泳技術，彌補了高壓液相色譜技術的不足、成為高效液相色譜的有力補充。毛細管電泳技術與其它技術如激光誘導熒光檢測技術、免疫分析技術、多級串聯質譜、電化學檢測技術等的聯用也日趨活躍。
（1） 環境、食品和工業中的離子分析
與離子色譜技術相比，毛細管電泳技術應用于陰陽離子的分離，具有速度快、效率高、對樣品的抗*力強等特點。因此特別適合于復雜樣品，如電鍍工業、環境廢水、食品飲料中陰陽離子及有機酸的定量分析。
（2） 手性藥物的拆分
大部分的天然產物及合成藥物都屬于手性對映體，因此手性藥物拆分及純度分析是藥物生產的重要環節。將高磺化環糊精等手性拆分劑添加到電泳緩沖液中，可以實現大部分手性對映體的快速分離和定量。由于毛細管電泳方法分離效率高、速度快、成本低，已被藥典收錄，在眾多制藥公司中用于手性藥物的純度檢測。
（3） PTA工業雜質測定
毛細管電泳方法分離效率高、抗*力強、成本低、簡單快速，已經成為工業用粗、精對苯二甲酸（PTA）純度檢測的標準方法，對其中的對羧基苯甲醛（4-CBA）和對甲基苯甲酸（p-Tol）等雜質進行高靈敏的定量檢測。
參見中華人民共和國石油化工行業標準：工業用精對苯二甲酸（PTA）中對羧基苯甲醛（4-CBA）和對甲基苯甲酸（p-Tol）含量的測定（SH/T 1687-2000）。
（4） 核酸的分離分析
目前核酸分析及基因分析大都采用毛細管電泳的方法，這是因為毛細管電泳與傳統的平板凝膠電泳相比具有高分辨率、高速度、高自動化的優勢。毛細管電泳可以對單鏈、雙鏈核酸進行片段分離和定性定量檢測。用于反義核酸藥物、引物的質量控制；PCR產物及其他dsDNA的純度分析；基因疫苗的成分分析；蛋白質-DNA相互作用測定以及核酸適配體的篩選。結合激光誘導熒光檢測器和染料嵌合，可以直接對各種核酸進行高靈敏度的快速分離檢測。
