利用動物、植物油脂與甲醇（或乙醇）在催化劑作用下加工生物柴油，有脂肪酯化工藝、超臨界酯化工藝等技術，因成本高，投入大而很少應用，zui普遍的是酸堿催化酯化法，這種在酸堿催化劑的作用下進行酯化，加工生物柴油已是大家公知的了。其工藝大多是：首先得到所謂“免蒸餾”的粗甲酯，然后進一步蒸餾分離，獲得我們通常所說的生物柴油。目前國內外沿用上述酯化工藝會遭遇到諸多難題：一是工藝復雜投入大，由于現有技術是由酯化、蒸餾兩大工藝組合而成，每個工序都要大量投資，例如洗滌罐、干燥罐、酯化罐、中和罐、內蒸塔、精餾塔、分離塔等等。洋洋灑灑，每產1噸油一般需要好幾萬元投入。故有人提出只搞“免蒸餾”的工藝，即只加工粗品生物柴油（粗甲酯），這樣投入會少些，然而，雖然粗酯與柴油混合后也可以做燒火油用，但因粗酯中含有許多生物質瀝青，難用于動力;而且遇到例如棉子、菜籽一類的酸化油等多種又黑又臟的原料加工油品就根本無法脫色。實際上還是迫使人們進一步蒸餾分離，投資大的事實無法改變。往往占地一大片，設備一大串，產量一點點。二是“三廢”治理難度大，洗滌原料要耗大量熱水、鹽水等，排放這些水怎么辦?其次應特別說明的是強酸催化劑只是一種氫交換觸媒，不會消耗，故投多少就要排多少。這些廢水含大量有害物質，這是環保難于通過的“絕癥”。況且強酸、強堿時刻威脅人身安全，時刻腐蝕設備（設備的材料必須是特種不銹鋼，而不銹鋼是普鋼的8倍以上價格!）。三是甲醇回收費用大，一般每噸原料需要甲醇用量300公斤以上，實際參加反應僅幾十公斤，故很大一部分必須通過蒸餾回收;而回收的粗甲醇含量低的不能循環利用;迫使另配套精醇回收裝置;而zui小的裝置至少10萬元左右，這對于小生產投資者來說是無法承受的。