1、食用菌制種及栽培
隨著生活水平不斷提高, 人們對綠色無公害食品越來越重視，食用菌生產者急需低毒或無毒病蟲害防治技術。臭氧是廣譜高效滅菌消毒劑,在常溫常壓下分子結構很不穩定,很快自行分解成氧氣（O2）,和單個氧原子（O），后者具有很強的活性。消毒氧化過程中,多余的氧原子則會自行重新結合成為氧分子（O2）,不產生任何殘留物和二次污染，可直接對食用菌物料（培養基），接菌工具，接菌室，菌房，大棚等消毒；殺滅雜菌、蟲害等:
1.1、物料（培養基）：用臭氧水配料、悶料可降解農藥殘留和蟲卵及雜菌污染。
1.2、接菌消毒：在接菌前封閉門窗,人離開接種室,開啟臭氧機殺菌消毒 60分鐘，停機60分鐘后接菌人員進入接菌室接種.
1.3、養菌消毒：菌袋上架后把臭氧機調至低濃度０.１－０.２ｐｐｍ每天早晚消毒60分鐘,確保養菌區潔凈無雜菌污染。
1.4、茹房（菇棚）消毒驅蟲：每天上午一次.下午一次,人不在茹房（菇棚）作業時,開啟臭氧機殺菌消毒60分鐘，停機60分鐘后人員才能進入茹房（菇棚）作業。
2、食用菌保鮮及加工
2.1、食用菌保鮮：在保鮮室內加入臭氧氣體，可殺滅引起食用菌腐爛的病原菌及微生物，抑制菌菇老化,從而延長了產品的保質期,贏得了更好的市場商機。
2.2、食用菌加工：將所需加工的菌菇用臭氧水沖洗,能有效去除有害微生物及病毒，降解殘留在菌菇表面上的農藥，從而達到綠色無公害食品的標準。
