生物工程類制藥是指利用微生物、寄生蟲、動物毒素、生物組織等，采用現代生物技術方法生產作為預防、治療、診斷等用途的藥品。生物工程類制藥可分為發酵工程制藥、細胞工程制藥、蛋白質與酶工程制藥、基因工程制藥四類，其中以發酵類制藥的作用及影響大。生物制藥的各類廢水都存在各自明顯的特點，但其廢水量一般水量小，污染物濃度中等，主要是對特征污染物的控制。
1、生產工藝廢水：如發酵、提純工序所產生的廢液或殘余液，對發酵罐及其用具的洗滌廢水等，藥物殘留量大，是廢水COD的主要來源；
2、實驗室廢水：實驗室廢棄的含有致病菌的培養物、洗滌水、料液以及各種傳染性物質的廢水、血液等對生物有害的廢水；
3、實驗動物廢水：包括動物解剖廢水、洗滌廢水及消毒水，實驗房、籠具等清洗廢水；廢水中含有動物毛發、血液、尿、糞等。
1、由于生物制藥廢水安全性問題，企業應在生產上加強的管理，減少污染物排放；
2、生物制藥廢水的特征污染物種類較多，如甲醛、揮發酚、乙腈等，對微生物均有毒害作用。
目前生物制藥廢水一般采用物化法、生化法、物化法+生物法聯用，考慮到廢水中可能殘留活性菌種，建議在后端增加消毒工藝。由于厭氧微生物對毒害物質的耐受力更強，且能夠直接處理高濃度的有機廢水，而好氧微生物能夠去除厭氧殘留的有機物，因此生化法可采用厭氧法+好氧法聯合處理。
其次，發酵類制藥廢水濃度一般較高，當水量較少時，可作為危廢交由有資質單位進行處理，或者與其它低濃度廢水調節后進行處理。
