中藥制藥主要是以中藥材為原料生產的中藥飲片或中成藥產品，原料均為天然存在的物質，其結構不經過化學修飾或人工合成。廢水中的COD、懸浮物、色度是其主要的污染物指標。
中藥飲片廢水主要來源于藥材的清洗與炮制過程，而中成藥廢水除上述工藝外，在煮提、干燥、制劑過程中亦產生大量的廢水。產生廢水具有以下特點：
（1）洗藥廢水：中藥制藥廢水幾乎有一半來源于藥材的清洗，廢水濃度相對較低，主要污染物質有懸浮物、動植物油等；
（2）煮提廢水：有機物主要來源于中藥材的提取過程，而煮提廢水絕大部分水分以水蒸氣形式排放，水量相對較小；
（3）清洗廢水：主要由清洗設備廢水、清洗容器和地面沖洗廢水組成。
1、有機物濃度高，屬于中高濃度廢水，含有纖維素、木質素及其它復雜有機物；
2、含鹽量高，可生化性差，部分種類的制藥廢水具有毒性；
3、廢水中含有硫化物及各類揮發性有機物，易散發惡臭；
4、廢水色度及懸浮物較高，主要是泥沙、動植物碎片、微細顆粒、膠體等；
5、中成藥廢水來水溫度較高。
中藥制藥廢水主要有物化法、生化法及其組合工藝。
物化法多采用混凝沉淀法、氣浮法或鐵碳微電解法，主要應用于中藥制藥廢水的前處理，以降低廢水的懸浮物及色度。但物化法運行成本高、操作強度大，且會產生大量的污泥，因此中藥制藥污水處理應以生化法為主。
生化法主要有水解酸化、厭氧法、好氧法等處理工藝，當廢水濃度較低時，一般采用水解酸化+好氧法進行處理，而厭氧法+好氧法適用于污染物濃度較高的中藥制藥廢水。
