無菌室一般是位于微生物實驗室內一塊區域。面積不宜過大，約 15 -20平方米即可，高 2.5 米左右。無菌室外需要設一個緩沖間，緩沖間的門和無菌室的門不要朝向同一方向，以免氣流帶進雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉。室內裝備的換氣設備必須有空氣凈化過濾裝置。常規設計制作無菌室應設有無菌操作間和緩沖間，無菌操作間潔凈度一般10000級，局部百級（一般是通過超凈工作臺控制）室內溫度保持在20-24℃，濕度保持在45-65%。超凈臺潔凈度應達到100級。

    無菌室多用于微生物實驗室,一般無菌實驗室使用超凈臺進行操作實驗，超凈臺其主要功能是利用空氣層流裝置排除工作臺面上部包括微生物在內的各種微小塵埃。通過電動裝置使空氣通過高效過濾器具后進入工作臺面，使臺面始終保持在流動無菌空氣控制之下。而且在接近外部的一方有一道高速流動的氣簾防止外部帶菌空氣進入。有異味或產生不安全氣體實驗則需要設置通風柜或生物安全柜來保證安全。

    無菌室內的地面、墻壁必須平整，不易藏污納垢，便于清洗。工作臺的臺面應該處于水平狀態。無菌室和緩沖間都裝有紫外線燈，無菌室的紫外線燈距離工作臺面 1 米。工作人員進入無菌室應穿滅過菌的服裝，戴帽子。無菌室的常規分類：1.二級及三級無菌室符合中華人民共和國衛生行業標準:WS233-2002《微生物和生物醫學實驗室生物安全通用準則》。

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