外部的空氣經過潔凈系統內的初效、中效、高效空氣過濾器層層凈化后，吹入潔凈室，經過潔凈室工作區后，該氣流與塵埃顆粒及細菌一起送至回風口，再與補入的新風一起送至進風口，重復剛才的過程。
即：

重復以上過程，便可達到凈化效果。

無菌車間的結構：無塵車間一般用平面凈化彩鋼板，這種彩鋼板一般有聚苯乙烯泡沫版、巖棉板、聚氨酯板、紙蜂窩板、玻鎂板等，凈化板表面有不銹鋼或彩涂板。不銹鋼板價格較高，耐腐蝕性很強。
潔凈室的構成是由下列各項系統所組成(在所組成的系統分子中是缺一不可的)，否則將無法構成一完整且品質良好的潔凈室： 
1、天花板系統：包括吊筋、吊、鋼梁、燈
2、空調通風系統：包括空調、空氣艙、過濾器系統、風機、通風管道等。 
3、隔墻板(Partitional wall)：包括彩鋼板、凈化鋁型材、窗戶、門。 
4、地板：包括自流坪、PVC平鋪地板、聚氨酯耐酸堿地板、防靜電地板、高架地板等
5、照明部分：電纜、開關、凈化燈、應急燈、紫外線燈燈、黃光燈、三防燈、格柵燈等。

復合彩鋼板的優點：
1、不吸附灰塵，非常適用于凈化車間墻體。
2、節能環保，外表美觀。
3、彩涂板價格實惠，使建造車間或改造車間成本降低。
4、色澤鮮艷：無須表面裝飾，彩色鍍鋅鋼板防腐層保持期在30-40年。
5、安裝靈活快捷：施工周期可縮短40%以上，車間可以根據生產需要進行調整，使用彩鋼板墻體，車間改造施工更加方便。
6、重量輕：10-14千克/平方米，相當于磚墻的1/30 .
7、隔熱保溫：芯材導熱系數： λ<=0.041w/mk。
8、強度高：可作天花圍護結構板材承重，抗彎抗壓，一般潔凈室不用梁柱。