熒光定量PCR應用廣泛
• 可以對各種基因的表達進行定量分析，如：同一基因在不同組織中的表達差異、同一基因在不同藥物處理后的表達差異、轉基因食品的檢測。過去常用的高通量篩選基因表達差異的技術是 cDNA 芯片和差異顯示，但這兩種技術的缺點是只能定性而非完整意義上的定量分析。實時 PCR 技術和高通道實時 PCR 儀的出現，無疑為這種檢測提供了極大的方便。
• 可以進行點突變分析和等位基因分析，用不同的熒光報告基團標記 Taqman 探針，然后分別與野生型和突變型雜交，如果一種熒光信號明顯強于另一種熒光信號，則表明它是純合子；如果兩種熒光信號都明顯增強，則表明它是雜合子。另外分子信標（ Molecular Beacon）就是專門為這種技術設計的探針。
• 可以進行單核苷酸多態性的分析，檢測單核苷酸多態性對于研究個體對不同疾病的易感性或者個體對特定藥物的不同反應有著重要的意義，因分子信標結構的巧妙性，一旦 SNP 的序列信息是已知的，采用這種技術進行高通量的 SNP 檢測將會變得簡單而準確。
• 可以進行 DNA 甲基化檢測， DNA 甲基化同人類的許多疾病有關，特別是癌癥， Laird 報道了一種稱作 Methylight 的技術，在擴增之前先處理 DNA ，使得未甲基化的胞嘧啶變成，而甲基化的胞嘧啶不受影響，用特異性的引物和 Taqman 探針來區分甲基化和非甲基化的 DNA ，這種方法不僅方便而且靈敏度更高。
• 對傳染性疾病進行定量定性分析，這在我國應用比較廣泛，大家比較熟悉。許多生產臨床PCR 試劑的廠商已經陸續推出了一系列的診斷試劑，如：肝炎系列、性病系列、腫瘤系列等等。
• 閃晶生物同時提供藥物伴隨診斷(companion diagnostic)方法如EGFR、BRAF V600E突變、HER2 擴增、BCR-Abl、PML-RAR、ALK融合基因、Sry基因檢測等。
