污水處理設備去除有機物污染物及氨氮主要依賴于設備中的A/O生物處理工藝。其中工作原理是在，由于污水有機物濃度很高，微生物處于缺氧狀態，此時微生物為兼性微生物，醫療廢水處理設備將污水中的有機氮轉化分解成NH3-N,同時利用有機碳作為電子供體，將NO2-N,NH3-N轉化成為N2，而且還利用有機碳源和NH3-N合成新的細胞物質，所以池不僅具有一定的有機物去除功能，減輕后續好氧池的有機負荷，以利于硝化作用的進行，而且依靠原水中存在的較高濃度有機物，完成反硝化作用，最終消除氮的富營養化污染。在O級，由于有機物濃度已大幅度降低，但仍有一定量的有機物分解成CO2和H2O,自養型細菌（硝化菌）利用有機物分解產生的無機碳或空氣中的CO3作為營養源，將污水中的NH3-N轉化成NO2-N,NO3-N,O級池的出水部分回流到池，為池提供電子接受體。通過反硝化作用最終消除氮污染。