潔凈室的建造，通常是在土建框架主體結構營造的大空間內，采用符合要求的裝修材料，根據工藝要求進行分隔、裝修成滿足各類使用要求的潔凈室。潔凈室內的污染控制需凈化空調專業與自動化控制專業共同完成，若是醫院潔凈手術室，還需把科研氣體如氧氣、氮氣、二氧化碳、等送入潔凈手術室；若是制藥企業的潔凈車間，還需要工藝管道及排水專業的配合，把藥品生產所需的去離子水及壓縮空氣送入潔凈室，把生產廢水排出潔凈室。可見，潔凈室的建造要如下專業及工程共同配合完成。
土建專業，建造潔凈室的外圍防護結構。凈化空調專業，通過凈化空調設備、凈化風管及閥門附件等組成凈化空調系統來控制室內溫度、濕度、潔凈度、風速、壓差及室內空氣品質等參數。自動控制及電氣專業，負責潔凈室照明配電、動力配電、燈具、開關插座等器具的安裝；配合凈化空調專業，實現溫度、濕度、送風量、回風量、排風量、室內壓差等參數的自動控制。工藝管道專業，通過管道設備及其附件把潔凈室所需要的各種氣體、液體按要求送入室內，輸配管道大多采用鍍鋅鋼管、不銹鋼管及銅管。在潔凈室內明裝的管道均需要求采用不銹鋼管道。對于去離子水管道，還要求采用內外拋光的衛生級不銹鋼管。特種裝修裝飾專業，特種指潔凈室裝修裝飾不同于民用建筑。民用建筑注重裝飾環境的視覺效果及豐富多彩的、錯落有致的層次感、有歐式風格、中式風格等。而潔凈室的裝修裝飾對材料要求極為嚴格：不產塵、不積塵、易清洗、耐腐蝕、耐消毒液擦洗、無接縫或少接縫（接縫應嚴密平整）對裝修裝飾工藝要求更為嚴格，強調壁板平整、接縫嚴密且平整光滑，不許有凹凸造型，所有陰角和陽角全部做成R大于50mm的圓弧角；窗戶應與墻面齊，不應設置凸出墻面的踢腳；照明燈具應采用帶密閉罩的凈化燈吸頂安裝（安縫隙應密封）；地面應采用不產塵材料整體制作，應平整、光滑、防滑、防靜電。綜上所述，潔凈室的建造是多專業、多工種，各專業及工種之間需要密切配合的一項系統工程，哪個環節出現問題，均會影響潔凈室的建造質量。