談到制藥凈化工程的節能設計，潔凈室空氣的主要污染來源不是人，而是新型建筑裝飾材料、清潔劑、粘合劑、現公用品等。所以，采用低污染值的環保節能材料，可以使藥廠潔凈室實現低污染的狀態，也是減少新風負荷、降低能源消耗的好方法。生物制品凈化工程的節能設計，要充分考慮工藝生產能力、設備規模、操作方式及前后生產工序的連接方式、操作人員數量、設備自動化程度、設備維修場地、設備清洗方式等因素，以減少投資，減少運行費用，實現節能的要求。首先，根據生產需要，確定凈化級別。其次，對于清潔度要求高、工作崗位相對固定的場所，采用局部凈化措施。第三，允許隨著生產條件的變化，對生產環境的潔凈要求進行調整。
除上述方面外，潔凈工程節能還可根據適當的潔凈度等級、氣溫、相對濕度等參數進行選擇。制藥企業潔凈室生產GMP規定的條件是：氣溫18~26℃，相對濕度45%~65%。由于室內相對濕度過高容易發霉，不利于清潔環境的維護，過低容易產生靜電，使人體感到不適。針對制劑生產實際，僅有部分工藝對氣溫、相對濕度有一定要求，其余均注重操作者的舒適度。
生物制品廠的照明對節能也有很大的影響，在制藥廠中，潔凈室的照明應以滿足工人生理和心理要求為前提。可對高照作業點進行局部照明，但不宜提高全車間照度標準。與此同時，非生產房的照明應低于生產房，但宜不低于100流明。
