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NEBNext 甲基化建庫酶學轉化法模塊

參考價	￥ 2249
訂貨量	≥1 件

具體成交價以合同協議為準

公司名稱南京沃博生物科技有限公司
品牌
型號E7103
所在地南京市
廠商性質生產廠家
更新時間2022/9/20 8:02:01
訪問次數393

產品標簽:

Ultra II DNA DNA 文庫制備試劑盒酶學轉化法雙端檢索引物重亞硫酸鹽測序

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產品簡介在線詢價

雖然重亞硫酸鹽測序是研究 DNA 甲基化的金標準，但這種轉化方式會對DNA 造成損傷，導致 DNA 斷裂、丟失和 GC 偏嗜。

NEBNext 甲基化建庫酶學轉化法模塊產品信息

概述

雖然重亞硫酸鹽測序是研究 DNA 甲基化的金標準，但這種轉化方式會對DNA 造成損傷，導致 DNA 斷裂、丟失和 GC 偏嗜。NEBNext 酶學轉化法甲基化建庫試劑盒 (EM-seq^™) 提供了一種酶學方法代替全基因組重亞硫酸鹽處理 DNA (WGBS) 的方法，并結合高效流程化的建庫步驟，適用于 Illumina 平臺測序。高效的 EM-Seq 酶促轉化可ZUIDA程度地減少對DNA的損傷，結合提供的 NEBNext Ultra II 文庫制備流程，最終產生的高質量文庫可以從有限的測序數據中更靈敏的檢測到 5-mC 和 5-hmC。

優勢

的 5-mC 和 5-hmC 檢測靈敏度

更高的比對率

更均一的 GC 覆蓋度

能從有限的測序數據檢測到更多的 CpG 位點

更均一的二核苷酸分布

更長的文庫插入片段

更高效的建庫流程

提供轉化模塊

產品特點

EM-Seq 能得到更高的文庫產量。采用Covaris S2 儀器將 10 ng、50 ng 和 200 ng 不同起始量的人 NA12878 基因組 DNA 打斷至 300 bp，同時作為 EM-Seq 和 WGBS 建庫的起始樣本。對于 WGBS 方法，使用 NEBNext Ultra II DNA 進行建庫，隨后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold 試劑盒進行重亞硫酸鹽轉化。上述所有起始量，EM-Seq 都能使用更少的 PCR 循環得到更高的文庫產量，表明 EM-Seq 顯著減少了 WGBS 方法中的 DNA 損失。誤差條表示標準差。

NEBNext 酶學轉化法甲基化文庫可獲得更長的插入片段 。采用Covaris^® S2 儀器將 50 ng 人 NA12878 基因組 DNA 打斷至 300 bp，同時作為 EM-Seq 和 WGBS 建庫的起始樣本。對于 WGBS 方法，使用 NEBNext Ultra II DNA 進行建庫，隨后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold^™ 試劑盒進行重亞硫酸鹽轉化。兩個文庫均使用 Illumina MiSeq (2 X 76 bases) 測序，片段大小采用 Picard 2.18.14 測定。圖中繪制了每個插入片段出現的頻率標準化后的數據，結果如圖：EM-Seq 建庫后的插入片段比 WGBS 方法得到的插入片段更長，說明：酶學轉化法不會對 DNA 造成損傷，而重亞硫酸鹽處理的 DNA 有嚴重損傷。

相較于 WGBS，EM-Seq 在更低的測序深度情況下能檢測到更多的 CpG 位點，并能實現更的 GC 均一覆蓋度。采用Covaris S2 儀器將 10 ng, 50 ng, 200 ng 不同起始量的人 NA12878 基因組 DNA 打斷至 300 bp，同時作為 EM-Seq 和 WGBS 建庫的起始樣本。對于 WGBS 方法，使用 NEBNext Ultra II DNA 進行建庫，隨后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold^™ 試劑盒進行重亞硫酸鹽轉化。兩個文庫均使用 Illumina NovaSeq® 6000 (2 X 100 bases) 測序，使用 bwa-meth 0.2.2 將測序數據與 hg38 進行比對。

A: CpG 位點檢測：通過分析 3.24 億雙端數據得到 EM-Seq 和 WGBS 文庫的 CpG 位點覆蓋度，其中每條鏈都獨立計數，最終得到最多 5600 萬個可能的 CpG 位點。結果顯示：EM-Seq 在更低測序深度能檢測到更多的 CpG 位點。

B: GC 覆蓋度：使用 Picard 2.17.2 計算 GC 覆蓋度，圖中顯示不同 GC 含量時 (0-100%)，標準化后覆蓋度的分布情況。結果顯示：EM-Seq 文庫顯著提高 GC 覆蓋度的均一性，無 AT 過度測序，也無 GC 測序不足，后兩項都是 WGBS 文庫的典型缺陷。

相較于 WGBS，EM-Seq 在更低的測序深度情況下能檢測到更多的 CpG 位點。采用 Covaris S2 儀器將 10 ng、50 ng 和 200 ng 不同起始量的人 NA12878 基因組 DNA 打斷至 300 bp，同時作為 EM-Seq 和 WGBS 建庫的起始樣本。對于 WGBS 方法，使用 NEBNext Ultra II DNA 進行建庫，隨后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold^™ 試劑盒進行重亞硫酸鹽轉化。兩個文庫均使用 Illumina NovaSeq® 6000（2 X 100 bases）測序，使用 bwa-meth 0.2.2 將測序數據與 hg38 進行比對。通過分析 3.24 億雙端數據得到 EM-Seq 和 WGBS 文庫的 CpG 位點覆蓋度。