醫療污水通過機械格柵攔污后的污水直接進入調節池，設置調節池的目的調節污水的水量和水質，為防止懸浮物在調節池內沉淀，在調節池底布有穿孔曝氣管，采用間隙曝氣。
污水中有機成份較高，BOD5/CODcr=0.5，可生化性較好，因此采用生物處理方法大幅度降低污水中有機物含量是的。由于污水中氨氮及有機物含量較高，特別是有機氮，在生物降解有機物時，有機氮會以氨氮形式表現出來，氨氮也是一個重要的污染控制指標，因此污水處理采用缺氧好氧A/O生物接觸氧化工藝，即生化池需分為池和O級池兩部分。調節池內污水采用污水提升泵提升至生化池，進行生化處理。在池內，由于污水中有機物濃度較高，微生物處于缺氧狀態，此時微生物為兼性微生物，它們將污水中有機氮轉化為氨氮，同時利用有機碳源作為電子供體，將NO2--N、NO3--N轉化為N2，而且還利用部分有機碳源和氨氮合成新的細胞物質。所以池不僅具有一定的有機物去除功能，減輕后續O級生化池的有機負荷，以利于硝化作用進行，而且依靠污水中的高濃度有機物，完成反硝化作用，最終消除氮的富營養化污染。經過池的生化作用，污水中仍有一定量的有機物和較高的氮氨存在，為使有機物進一步氧化分解，同時在碳化作用趨于*的情況下，硝化作用能順利進行，特設置O級生化池。
池出水自流進入O級池，O級生化池的處理依靠自養型細菌（硝化菌）完成，它們利用有機物分解產生的無機碳源或空氣中的二氧化碳作為營養源，將污水中的氨氮轉化為NO2--N、NO3--N。O級池出水一部分進入沉淀池進行沉淀，另一部分回流至池進行內循環，以達到反硝化的目的。在和O級生化池中均安裝有填料，整個生化處理過程依賴于附著在填料上的多種微生物來完成的。在池內溶解氧控制在1mg/l左右；在O級生化池內溶解氧控制在3mg/l以上，氣水比15:1。
O級生化池一部分出水回流進入池，；一部分流入豎流式沉淀池，進行固液分離。
沉淀池固液分離后的出水自流進入消毒池，用固體氯片消毒后即可直接排放。
沉淀池沉淀下來的污泥由氣提裝置，一部分提升至池，進行內循環；一部分提升至污泥池；污泥池內的污泥定期采用糞車外運作農肥處理。
