醫院廢水指醫院門診、病房、手術室、各類檢驗室、病理解剖室、放射室、洗衣房、太平間等處排出的診療、生活及糞便污水。當辦公、食堂、宿舍等排水與上述污水混合排出時亦視為醫院污水。醫院廢水處理工藝流程如下所示：
1、 特殊性質污水應經預處理后進入醫院污水處理系統。
2、 傳染病區污水應在預消毒后采用二級處理+消毒工藝或二級處理+深度處理+消毒工藝。
3、 非傳染病醫院污水，若處理出水直接或間接排入地表水體或海域時，應采用二級處理+消毒工藝或二級處理+深度處理+消毒工藝。若處理出水進入城市污水管網，可采用一級強化+消毒工藝。

如傳染病醫院污水處理工藝流程如下：