目前原料藥生產的廢水大多采用生化方法進行處理。生化處理法可分為厭氧生物處理和需氧生物處理，分別通過厭氧微生物和好氧微生物的共同作用，以降解廢水中的有機污染物，使廢水得以凈化。
由于原料藥生產過程產生的廢水含有一定的化學毒性和生物活性，特別是某些抗生素原料藥的生產廢水，其所含的抗生素具有較強的殺滅微生物的作用，會使得生化處理所需的厭氧和好氧微生物失效，達不到廢水處理的目的。另外由于這些物質的高致敏性，如未經降解處理會產生環境污染，對有過敏體質的人群有威脅。如殘留于動植物中，還會通過食物鏈進入人體對健康產生不利影響。
廢水中的這些活性和毒性物質，可通過化學和物理的方法進行降解，以降低和消除其毒性/活性。一種較常用的方法是酸堿處理法。由于化學毒性/生物活性物質均為大分子長鏈結構的有機物/蛋白質，在強酸/強堿的作用下，有機長鏈大分子結構會被切斷而降解，這樣其活性/毒性也得到了緩解/消除。因此可通過調節廢水的pH值的方法，來改變和消除其毒性和活性。
但是，傳統的化學降解方法，加入鹽酸和氫氧化鈉的過程大多采用人工操作，整個過程均暴露于環境中，加入酸堿的數量和方式、操作員工的防護措施、降解結果的判斷均不完善，存在很大的改進空間。這種原料藥廢水處理的缺點是：
1.間歇操作，廢水處理池體積膨大;
2.廢水池敞開，易受雨水影響，溢流造成污染;
3.降解液人工加入，計量不精確;
4.處理終點不能有效控制。
因此，采用“SBR+接觸氧化”二級好氧工藝。具體原料藥廢水處理方法是：首先格柵去除廢水中較大的雜質及懸浮物，然后進入調節池調節水質水量，再水解酸化對COD、BOD進行去除，提高廢水的可生化性。在SBR反應池中進行微生物降解有機物及固液分離，然后進入接觸氧化池中，與生物膜接觸，生物膜與懸浮的活性污泥共同作用，達到凈化廢水的作用。
