根據《保健食品注冊與備案管理辦法》，保健食品進行注冊是需要提交安全性和保健功能評價材料，包括目錄外原料及產品的安全性、保健功能試驗評價材料，人群食用評價材料；功效成分或者標志性成分、衛生學、穩定性、菌種鑒定、菌種毒力等試驗報告，以及涉及、違禁藥物成分等檢測報告。
根據我國現行的《食品安全法》第三十八條明確規定，“生產經營的食品中不得添加藥品，但是可以添加按照傳統既是食品又是中藥材的物質”。任何不屬于既是食品又是中藥材的物質，禁止在食品（含保健食品）中添加使用，比如各種藥物。
因此保健食品檢測主要是功能試驗，毒理試驗，功效成分含量檢測，以及其他如食品污染物檢測，微生物檢測，致病菌檢測，真菌毒素檢測。考慮到不少不法商家企業為了牟利，非法添加藥物、化學物質提高產品功效，因此保健食品的檢測還有一個重要領域是違禁藥物的檢測。
保健食品檢測推薦項目
類別 | 檢測項目 |
重金屬檢測 | 鉛、砷、汞、鎘、銅等。 |
有機農藥殘留 | 有機氯、有機磷、擬除蟲菊酯、氨基甲酸脂、除草劑、殺菌劑等500多種農藥殘留檢測，及GC-MS和LC-MS-MS農殘掃描等 |
添加劑檢測 | 防腐劑、人工色素、抗氧化劑、甜味劑、維生素類、有機酸、等近60種食品添加劑等 |
有毒有害物質檢測 | （M1、B1、B2、G1、G2）、展、游離棉酚、多氯聯苯、亞硝酸鹽、硝酸鹽、亞硫酸鹽、N-亞硝胺類、苯并(a)芘、，、丙烯酰胺、反式脂肪酸、無機砷、甲基汞、溴酸鹽、甲醛、乙醛、丙二醛、乙二醛、、二氧化硫、吊白塊、、喹乙醇、組胺、石油烴、三甲胺氮、、蘇丹橙、三聚氰胺及三聚氰酸、鄰苯二甲酸脂等。 |
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