我們在設計臭氧發生器系統時，須防止大量水進入發生器。水封壓縮機的浮閥或空氣干燥器上的冷凝水閥堵塞，會導致水進入電暈室電機。電暈室大量的水會導致電暈集中，電流密度大，介質局部發熱，導致介質過早失效。即使檢測裝置在水進入電暈室之前切斷電暈電源，水中的雜質也會沉積在部件表面上，這些雜質須在繼續工作之前去除。
然而，運行故障或錯誤可能會迫使臭氧接觸池中的處理過的廢水流入發電機，或少產生廢水。使得電暈污染或電介質損壞。此外，系統設計和操作程序須防止易燃和腐蝕性氣體以及從臭氧接觸池返回的水蒸氣進入發電機。
對于水冷式發電機，冷凝水的質量對于減少傳熱面的結垢非常重要。結垢會降低臭氧發生器傳熱效率，減少臭氧產生，增加維護成本。從技術上講，自來水是臭氧發生器較好的冷凝劑，但從經濟上講，大規模工業開發電機消耗的水可能沒有吸引力。
與自來水水質相反，一般污水作為冷凝水的處理效果不是很好，因為容易結垢。如果在10個封閉的冷凝回路中使用高質量的水或其他流體，后級熱交換器就容易結垢。
臭氧發生器是專門為減少污垢而設計的，易于清潔，污水的流出物也可以用作冷凝。為了平衡用水成本和設備維護成本，系統設計主要采用冷凝塔水或換熱器。
臭氧發生器產生的冷凝空氣須不含水分、雜質、腐蝕性、氣溶膠、油性或導電性材料以及可見灰塵。除非在多塵的工業環境中，通常空氣不需要過濾。
