一、無菌室的設置
1、無菌室應有內、外兩間，內間是無菌室，外間是緩沖間。房間容積不宜過大，以便于空氣滅菌。
2、內間應當設拉門，以減少空氣的波動，門應設在離工作臺的位置上；外間的門也用拉門，要設在距內間的位置上。
3、在分隔內間與外間的墻壁或隔扇上，應開一個小窗，方便內外傳遞物品的通道，以減少人員進出內間的次數，降低污染程度。
4、無菌室容積小而嚴密，使用一段時間后，室內溫度很高，故應設置通氣窗。通氣窗應設在內室進門處的頂棚上（即離工作臺的位置），為雙層結構，外層為百葉窗，內層可用抽板式窗扇。通氣窗可在內室使用后、滅菌前開啟，以流通空氣。
二、無菌室的過濾級別
根據無菌室內的空氣潔凈度的不同，無菌室大致可以分為：百級無菌室，千級無菌室，萬級無菌室，十萬級無菌室，百萬級無菌室等。
三、無菌室設計建設要點
無菌室內的地面、墻壁必須平整，不易藏污納垢，便于清洗。工作臺的臺面應該處于水平狀態。無菌室和緩沖間都裝有紫外線燈，無菌室的紫外線燈距離工作臺面 1 米。工作人員進入無菌室應穿滅過菌的服裝，戴帽子。
當前無菌室多存在于微生物工廠，一般實驗室則使用超凈臺。超凈臺其主要功能是利用空氣層流裝置排除工作臺面上部包括微生物在內的各種微小塵埃。通過電動裝置使空氣通過高效過濾器具后進入工作臺面，使臺面始終保持在流動無菌空氣控制之下。而且在接近外部的一方有一道高速流動的氣簾防止外部帶菌空氣進入。
在條件較困難的地方，也可以用木制無菌箱代替超凈臺。無菌箱結構簡單，便于移動，箱正面開有兩個洞，不操作時用推拉式小門擋住，操作時可以將雙臂伸進去。正面上部裝有玻璃，便于在內部操作，箱內部裝有紫外線燈，從側面小門可以放進去器具和菌種等。
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