第三方運營是指水環境管理部門委托從事環保技術服務的專業公司對轄區內的在線監控系統進行統一的維護和運營管理。這些公司一般是獨立于被監測企業和水環境管理部門的第三方實體，依據《環境污染治理設施運營資質許可管理辦法》的規定，獲取了環境染污監控、治理設施運營的資格。它們受水環境管理部門的委托并對水環境管理部門負責，為政府、企業及公眾提供客觀公正、準確可靠、實時連續的環境監測數據。
第三方運營的管理模式具有諸多優點：首先，它能夠充分發揮設備的作用，克服了監控設備由企業自身管理的弊端，從根本上改變了過去設施安裝后無人管理、基本處于停運或半停運狀態的局面；其次，第三方運營可以通過集約化的管理降低運行維護成本；另外，作為水環境管理部門的科技助手，運營單位可以提供專業化的服務，讓水環境管理部門有限的人力從瑣碎、繁雜的運營工作中解放出來，集中投入到行政管理、監督、監察和行業指導的本質工作上去。
