因為養殖用水處理臭氧消毒器的強氧化性，使得它對水中各種微生物都有良好的殺滅作用。
實驗1：在無菌罩通入臭氧條件下，經臭氧20分鐘和30分鐘后，對大腸桿菌的殺滅率分別為97.5%，對的殺滅率分別為93.7%，對綠膿桿菌的殺滅率分別為84.6%和89.8%。
實驗2：臭氧氣體在20℃條件下通入流動水中，當水中臭氧濃度達到0.43mg/L時，可99%殺死大腸桿菌。
實驗3：濃度為1.5mg/L的臭氧溶液只需1分鐘，就能殺死黑曲霉和酵母菌等真菌。另外，臭氧還能有效地殺滅原蟲及其卵。
亞硝酸鹽、硫化氫、氨態氰等在養殖用淡水或海水中都能氧化成無毒物質，對魚類有很大的危害。在此過程中，無機物可以被降解，從而降低水中的BOD值和化學COD值。養殖用水處理臭氧消毒器的強氧化性可以對藻類等原生動植物進行快速殺滅。經過30分鐘的臭氧處理，赤潮海水被*氧化成無色透明狀，水里的夜光蟲全部被殺死，成粉末狀。臭氧能迅速有效地殺死水中存在于水中的危害水生生物健康的病原菌。在殺滅隱孢子蟲卵所需的時間內，臭氧1mg/L的作用時間5分鐘，次氯酸、氯、氯氮等對90%的蟲囊都有殺滅作用；而相同濃度的次氯酸，作用1小時，氯和氯氮的濃度為80mg/L，作用90分鐘后才能達到相同的作用效果。
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