(1)懸浮物和漂浮物一般都是在病區出口設置化糞池。污物進入化糞池后，其比重較大的污染物在池內沉淀分離，發酵消化。沉淀過程中還夾雜了一些病原菌，因此沉淀也應作相應處理。消毒池出水仍會有一部分漂浮物和機械雜質帶入消毒池，影響消毒劑的消毒效果，因此，在污水進入制藥污水處理用臭氧發生器消毒設備之前，應先充分沉淀，簡單過濾。
(2)醫院中的有機污染物一般比城市污水的有機物少，BOD5多達100毫克/升左右。可利用水體自身的自凈力來消化它。但是在直接排放到要求較高的地表水體、風景區等情況下，則必須處理其有機物，通常多采用生物處理方法。
(3)放射性同位素。
核子自發蛻變產生射線，它的存在給污水帶來放射性污染，不能人為地改變污水中放射性物質的強度和性質。所以只能通過稀釋或濃縮來減少或避免其危害。對這類污水，可以根據放射性物質的種類，半衰期的長短，來確定其處理方法。對半衰期短的元素，可采用貯藏法，也可采用稀釋法；對半衰期長的放射性物質，可采用物理、化學或生物法處理，先將其與污水分開。據調查，目前一般醫院所使用的放射性同位素都是屬于半衰期短的人群，污水量較小，所以通常采用貯存法進行處理。
(4)寄生蟲
蟲卵來源于糞便，其所占比例大于糞便污水(約1.02-1.04)，因此可以通過沉淀法從污水中分離出來。蛔蟲卵作為一般寄生蟲的死亡標準，即當蛔蟲卵死亡時，便認為其他蟲卵已經死亡。蠕蟲卵在體外可以存活1-5年，而在發酵的環境下，蠕蟲卵的壽命大大縮短。從糞便堆積中，夏季可以存活7天，冬季可以存活21天。經常使用的化糞池，污泥清除周期在三個月以上，寄生蟲卵*可以沉淀在池中，在發酵環境下殺死。
(5)問題。
比細菌要小得多，因為它們沒有完整的細胞結構，它們必須在特定的活細胞內繁殖。人體內80%的傳染病是由引起的。一般而言，該抗冷不耐熱(但肝炎對熱、干、凍都有一定的抵抗力，如甲型肝炎抗56℃，1小時以上；乙型抗60℃，4小時以上)，但所有對高溫煮沸和強氧化劑都很敏感，因此可以投一定濃度的氯滅活。
(6)傳染病菌。
感染性細菌的種類很多，但其活動規律卻大致相同，一般在PH值5-9.6之間存活，當PH值超過了這個范圍，細菌就會死亡。用清水可以生存一個多月，但在排泄物污水中生存時間較短。原因如下：a.糞便污水中含有自身分解產生的氨氣，可以起到消毒作用；b.糞便分解產生的某些消毒素也可以殺死細菌。大多數其他細菌(破傷風厭氧菌除外)也有好氧作用。制藥污水處理用臭氧發生器消毒設備采用這種特性，如將水池封蓋，一方面因為有機物的分解會消耗大量的氧氣，另一方面由于水池封蓋的補氧困難，造成污水中的溶解氧減少，使好氧細菌在缺氧下自行消亡。另外在實驗室和檢查實驗室也有鉻、汞等重金屬的存在，可用化學方法去除。總之，醫院污水是一個極其復雜的系統，常規處理方法難以達到令人滿意的處理效果。