Dnase I(Rnase free)
貨號 | 規格 | 分類 |
XG-P3068 | 1000U | 核酸酶系列 |
該酶是將單鏈或雙鏈 DNA 同等程度的隨機分解,生成具有 5′-P 末端寡核苷酸的脫氧核糖核酸內切酶。由于RNase-free DNase I 中 Protease 已幾乎被去除,從而提高了該酶在 pH 中性區域的穩定性。此外該酶中添加了
Rnase Inhibitor,用于抑制 RNA 樣品中殘留的 RNase 核酸酶,因此可以有效抑制 RNA 提取過程中 Rnase 酶對 RNA的降解。Stop Buffer 終止反應后,可通過一步加熱失活DNase I 活性。
活性定義
在 50 μl 體系下,37℃ 10min 條件下消化 1 μg pBR322質粒 DNA 所需的酶量定義為 1 個活性單位。純度
2 U 的本酶和 1 μg 的 16S, 23S rRNA 在 37℃、pH7.5 的條件下反應 1 小時,RNA 的電泳譜帶不發生變化
應用:去除 RNA 樣品中的 DNA 污染。
儲存:-20°C 可保存 2 年。
操作方法(去除 RNA 中的基因組 DNA 污染)
1. 按以下組分配制反應體系
RNA 1~50 μg
10× RD Buffer 2 μl
Rnase Free DNase I (2 U/μl) 1 μl*
Rnase Free H2O Up to 20 μl
*若 RNA 樣品中含有超過 5 μg 基因組 DNA 污染,請使用2 μl 該酶。
2. 37°C 孵育 15min 以消化去除基因組 DNA。
3. 孵育完畢后加入 2 μl 10× RD Stop Buffer,混合均勻室溫放置 1min,并置于 75°C 10min 加熱失活 DNase I。樣品可直接用于下一步反轉錄等試驗。
注意:
1)通常加熱方法即可失活 DNase I。如需要去除殘留的變性蛋白,可在 37°C 消化完畢后使用酚氯仿抽提并沉淀 RNA樣品(不進行加熱操作)。
2)10× RD Stop Buffer 中含有螯合劑用于去除二價陽離子,進行加熱失活前,必須加入 2 μl 10× RD Stop Buffer 并混合均勻,再進行熱失活,否則會導致 RNA 降解。
3)處理完畢的 RNA 樣品進行一步反轉錄反應時,添加量需要<20%(如 20 μl 的反轉錄體系中加入量要<4 μl)
一、模板DNA:PCR反應需要模板DNA,如從細胞、組織、血液中提取DNA等;
二、引物:PCR反應的兩個引物,分別與模板DNA的兩端配對擴增所需的特定區域,引物也可以合成為TA克隆等過程中使用到的引物;
三、dNTPs:PCR反應中需要四種dNTPs,包括脫氧腺苷酸(dATP)、脫氧胸苷酸(dCTP)、脫氧鳥苷酸(dGTP)、脫氧胞嘧啶酸(dTTP),用于細胞分裂、DNA合成 等生物學過程,用于PCR擴增的模板DNA鏈的延伸和擴增;
四、Taq DNA聚合酶:PCR反應需要的聚合酶,一般使用Taq聚合酶,還有一些其他種類的聚合酶如PFU、Phusion等,用于擴增DNA鏈;
五、PCR buffer溶液:對PCR反應具有緩沖作用,調節反應pH,硫代硫酸氫鹽SDS、小分子有機化合物如甲醛,可增強PCR反應特異性,從而提高反應效率;
六、酶切體系:PCR擴增往往涉及到重組、構建和測序等等實驗步驟,常常需要進行酶切操作。
七、MARK:一種分子量標準,用來判別DNA片段大小的工具。
八、DNA純化試劑盒:用于純化PCR反應產物;
①Oligo dT
選擇Oligo dT時,要求RNA必須有Poly A,所以真核生物的mRNA都適用。適合長鏈甚至全長mRNA的RT,對RNA樣品的質量要求較高,不要有明顯的DNA污染、RNA降解和RNA斷裂。假如想探索新的mRNA進行RT反應,建議推薦使用Oligo dT引物。使用Oligo dT引物要比隨機引物和特異性引物的穩定性要好。
②隨機引物
適合各種RNA的RT,尤其適合模板豐度很低的情況(比如某個gene表達量很低)。選擇隨機引物時,第鏈cDNA合成反應中就是以所有的RNA為模板,然后進行PCR反應時設計引物進行特異性擴增。同時要注意隨機引物的量和總RNA量之間的關系,一般建議每5µg總RNA的隨機引物的用量為50ng,如果每5µg總RNA的隨機引物的用量超過250ng,可能會導致小片段產物(<500bp)的增加和長片段、全長產物的降低。
③特異性引物
基因特異性引物(GSP)是某個基因序列的一部分,與模板互補的引物。該引物需要結合目標RNA的已知序列進行設計。由于引物和RNA序列特異性結合,每個目標RNA都需要一套新的基因特異性引物。因此,當分析多種目標時,則需要適用更多的RNA樣本。而且不同引物退火溫度本來就不相同,所以一般不推薦使用。如需要使用特異性引物,建議對退火溫度進行優化。
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