PCR特異性:
1.primers design
這是重要的一步。理想的,只同目的序列兩側(cè)的單一序列而非其它序列退火的primer要符合下面一些條件:
1)足夠長,18~24bp,以保證特異性,當(dāng)然,不是說越長越好,太長的primer同樣會降低特異性,并且降低產(chǎn)量;
2)GC%,40%~60%;
3)5'端和中間序列要多GC,以增加穩(wěn)定性;
4)避免3'端GCrich,個BASE不要有GC,或者5個有3個不要是GC。
5)避免3'端的互補,否則,容易造成DIMER;
6)避免3'端的錯配;
7)避免內(nèi)部形成二級結(jié)構(gòu);
8)附加序列(RT site,Promoter sequence)加到5'端,在算Tm值時不算,但在檢測互補和二級結(jié)構(gòu)要加上它們;
9)使用兼并primer時,要參考密碼子使用表,注意:生物偏好性,不要在3'端使用兼并primer,并使用較高的primer濃度(1μM~3μM);
10)學(xué)會使用一種design software,PP5,Oligo6,DNA star,Vector NTI,Online design et al。
產(chǎn)品名稱:胡蘿卜源性成分探針法熒光定量PCR試劑盒
英文名稱:
貨號:XG01P4290
分類:熒光定量PCR試劑盒
儲存條件:-20℃避光保存,避免反復(fù)凍融。
運輸:低溫、避光,快遞免費送貨上門。
熒光定量PCR實驗步驟:
①取凍存已裂解的細(xì)胞,室溫放置5分鐘使其*溶解。
②兩相分離 每1ml的TRIZOL試劑裂解的樣品中加入0.2ml的lvfang,蓋緊管蓋。手動劇烈振蕩管體15秒后,15到30℃孵育2到3分鐘。4℃下12000rpm離心15分鐘。離心后混合液體將分為下層的紅色酚lvfang相,中間層以及無色水相上層。RNA全部被分配于水相中。水相上層的體積大約是勻漿時加入的TRIZOL試劑的60%。
③RNA沉淀 將水相上層轉(zhuǎn)移到一干凈無RNA酶的離心管中。加等體積異丙醇混合以沉淀其中的RNA,混勻后15到30℃孵育10分鐘后,于4℃下12000rpm 離心10分鐘。此時離心前不可見的RNA沉淀將在管底部和側(cè)壁上形成膠狀沉淀塊。
④RNA清洗 移去上清液,每1mlTRIZOL試劑裂解的樣品中加入至少1ml的75%乙醇(75%乙醇用DEPCH2O配制),清洗RNA沉淀。混勻后,4℃下7000rpm離心5分鐘。
⑤RNA干燥 小心吸去大部分乙醇溶液,使RNA沉淀在室溫空氣中干燥5-10分鐘。
⑥溶解RNA沉淀 溶解RNA時,先加入無RNA酶的水40μl用槍反復(fù)吹打幾次,使其*溶解,獲得的RNA溶液保存于-80℃待用。 1)紫外吸收法測定先用稀釋用的TE溶液將分光光度計調(diào)零。然后取少量RNA溶液用TE稀釋(1:100)后,讀取其在分光光度計260nm和280nm處的吸收值,測定RNA溶液 濃度和純度。
實時定量PCR:
①β-actin陽性模板的標(biāo)準(zhǔn)梯度制備 陽性模板的濃度為1011,反應(yīng)前取3μl按10倍稀釋(加水27μl并充分混勻)為1010,依次稀釋至109、108、107、106、105、104,以備用。
②反應(yīng)體系如下:
標(biāo)準(zhǔn)品反應(yīng)體系
序號 反應(yīng)物 劑量
1 SYBR Green 1 染料 10μl
2 陽性模板上游引物F 0.5μl
3 陽性模板下游引物R 0.5μl
4 dNTP 0.5μl
5 Taq酶 1μl
6 陽性模板DNA 5μl
7 ddH2O 32.5μl
8 總體積 50μl
輕彈管底將溶液混合,6000rpm短暫離心。
宋氏志賀氏菌 Shigella sonneiAcc-2(人涎腺腺樣囊性細(xì)胞)
人腺上皮細(xì)胞*培養(yǎng)基小鼠小腸平滑肌細(xì)胞*培養(yǎng)基
巴固氮螺菌 Azospirillum brasilenseGBC-SD(人膽囊細(xì)胞)
人氣管平滑肌細(xì)胞*培養(yǎng)基紫紅曲霉 Monascus purpureus
Tris(三羥甲基氨基甲烷)玉米桿菌 Lactobacillus zeae
宇佐美曲霉 Aspergillus usamii愛媛鏈輪絲菌 Streptomyces ehimense
BC-019(人腺細(xì)胞)暫無 Escherichia coli
HA Tag IP/Co-IP Kit/HA標(biāo)簽免疫沉淀試劑盒苜蓿中華根瘤菌
酒假絲酵母 Candida kefyrA2780(人卵巢細(xì)胞)
人神經(jīng)星形膠質(zhì)細(xì)胞*培養(yǎng)基大鼠宮平滑肌細(xì)胞*培養(yǎng)基
假單胞菌 Pseudomonas sp.EL4(小鼠淋巴瘤細(xì)胞)
少根根霉 Rhizopus arrhizus紅曲霉 Monascus anka
釀酒酵母 Saccharomyces cerevisiae黑曲霉 Aspergillus niger
胡蘿卜源性成分探針法熒光定量PCR試劑盒1-Boc-3-氨基吡咯烷
5-溴-4--3-吲哚基-β-D-葡萄糖苷環(huán)己基鹽
5-溴-2,3-氟
5-溴-2,3-氟
5-溴-2,3-氟
S-化丁酰硫代膽
S-化丁酰硫代膽
4-甲基肉桂
4-甲基肉桂
4-甲基肉桂
基因反應(yīng)體系:
序號 反應(yīng)物 劑量
1 SYBR Green 1 染料 10μl
2 內(nèi)參照上游引物F 0.5μl
3 內(nèi)參照下游引物R 0.5μl
4 dNTP 0.5μl
5 Taq酶 1μl
6 待測樣品cDNA 5μl
7 ddH2O 32.5μl
8 總體積 50μl
輕彈管底將溶液混合,6000rpm短暫離心。
③制備好的陽性標(biāo)準(zhǔn)品和檢測樣本同時上機(jī),反應(yīng)條件為:93℃ 2分鐘,然后93℃ 1分鐘,55℃ 2分鐘,共40個循環(huán)。