在好氧段充分促進硝化反應，使氨氮氧化為硝酸鹽氮。氣溫高的夏季，反應池的水溫隨之升高，硝化菌活躍，硝化反應迅速，脫氮運行易于管理。但是，到了冬季水溫下降，硝化反應也變的異常緩慢。

促進硝化反應的運行要點如下所述：

① MLSS：調節活性污泥中的硝化菌量(MLSS值高，硝化菌也就多)。

②空氣量：通過調控曝氣量和好氧池停留時間，調節活性污泥與空氣的接觸量。

③水溫：較高的溫度為理想，但是由于受到季節的影響較大，很難調控。

以除磷為目的的運行方法

微生物處于厭氧條件下(無氧、無NO3-)時，與污水混合，為了從污水的有機物中獲取能量而攝取氧。但是，在氧氣不存在時，聚磷菌將消耗自身體內的三磷酸腺苷中的氧，獲得能量，其結果是在厭氧段釋放無機磷。隨后，含有被釋放出的磷的微生物混合水在好氧條件下，由于唯恐再次處于饑餓狀態，開始在體內大量蓄積超出釋放量的磷。通過這些微生物的作用，處理水中的磷減少了。這就是除磷的機理。MBBR一體化工業污水處理設施

進行除磷處理時，首先在反應池內設厭氧狀態。在絕氧池內，活性污泥與成為其食物的進水中的有機物進行混合，活性污泥中的聚磷菌釋放無機磷。但是，在接下來的好氧池內，聚磷菌攝取磷，由此達到除磷的效果。

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