通用型氣相色譜儀在樣品進入色譜柱后，陰離子A、B與流動相陰離子一同前進，三種離子不斷的交替占據與固定相陽離子相吸的位置；樣品陰離子A與正電荷的作用力較大因而移動較慢，而B移動較快，從而實現了分離。因為流動相陰離子的數量有優勢，所以樣品陰離子A、B都分流出色譜柱，對在不同時間流出色譜柱，對在不同時間流出色譜柱的樣品離子進行檢測，就可以知道樣品組分的種類與含量。
通用型氣相色譜儀（弱酸和弱堿）的水溶液都能夠導電。電導檢測器就是以離子色譜流動相中導電的變化作為定量的依據的。電導檢測器的結構比較簡單、檢測池在兩個電極中間，當在電極上加上電壓時，檢測池內溶液中的離子就會產生運動。通過對運動產生的電流的測量就可以知道溶液中離子的濃度。而如果流動相的導電性很高，而樣品的導電性較低，那么電導檢測器就不會有效的檢測出樣品離子的濃度。因此，人們在色譜柱和電導檢測器之間加上了一個抑制柱，它可以改變流動相和樣品的導電性，從而使樣品離子得到靈敏的檢測。
分離系統是色譜儀的心臟部分。其作用就是把樣品中的各個組分分離開來。分離系統由柱室、色譜柱、溫控部件組成。其中色譜柱是色譜儀的核心部件。色譜柱主要有兩類：填充柱和毛細管柱（開管柱）。柱材料包括金屬、玻璃、融熔石英、聚四氟等。色譜柱的分離效果除與柱長、柱徑和柱形有關外，還與所選用的固定相和柱填料的制備技術以及操作條件等許多因素有關。
檢測器是將經色譜柱分離出的各組分的濃度或質量（含量）轉變成易被測量的電信號（如電壓、電流等），并進行信號處理的一種裝置，是色譜儀的眼睛。通常由檢測元件、放大器、數模轉換器三部分組成。被色譜柱分離后的組分依次進檢測器，按其濃度或質量隨時間的變化，轉化成相應電信號，經放大后記錄和顯示，繪出色譜圖。檢測器性能的好壞將直接影響到色譜儀器分析結果的準確性。
