小型屠宰污水處理設備經過前端化糞池處理后，污水中依然含有大部分大分子有機污染物，需要進一步對其降解為小分子物質，為后續好氧生化做準備，并考慮到廢水中氨氮和總磷的超標，必須設施好氧—缺氧的交替運行環境來達到硝化—反硝化的交替運行來達到脫氮除磷的效果。
目前對屠宰污水的治理，均采用以生物法為主的處理工藝，包括好氧、厭氧、兼氧等處理系統。但無論采用什么生物處理工藝，都必須充分重視預處理工藝，應設置撈毛機、格柵、隔油池、調節池或沉淀池等，以盡量降低進入生物處理構筑物的懸浮物和油脂含量，確保構筑物正常運行。
過程中會產生一定的污水，如解體沖洗、地面沖洗等廢水。這些廢水中的脂肪、蛋白質等物質不經過處理，直接排入水體，將對其周圍水體造成嚴重富營養化，嚴重破壞水體的自盡能力，造成水體發黑變臭，影響環境和農業灌溉。
由此，小型屠宰污水處理設備成了一個*的環節，以下則是屠宰污水處理設備的具體操作流程：
（1）屠宰污水富含大量的漂浮物（血污、毛皮、雜物、染物等等），可用格柵予以攔截，以保證后續設備的正常運行，而此設施屠宰場現在已經具有。
（2）屠宰污水富含血污、油脂等大分子有機物，直接進入好氧將很難降解，因此格柵出水之后進入化糞池。
