在線離子色譜儀流動相以恒溫進入色譜柱時，將使相似化合物早餾出峰互相重疊，晚餾出峰寬度增加。若改為單階高效液相色譜該方法是吸收了普通液相層析和氣相色譜的優點，經過適當改進發展起來的。它既有普通液相層析的功能（可在常溫下分離制備水溶性的物質），又有氣相色譜的特點（即高壓，高速，高分辨率和高靈敏度）；它不僅適應于很多不易揮發，難熱分解物質的定性和定量分析，而且也適用于上述物質的制備和分離。
在線離子色譜儀
檢測器出口的暢通是很重要的，有人在工作中會遇到這樣的問題：前一天儀器工作還一切正常，第二天開機后卻無響應峰信號。檢查進樣口、注射器、墊圈和色譜柱都正常，可就是不出峰，無意中發現進樣口柱頭壓達不到設定值，總是偏高，這時才懷疑是ECD檢驗器出口不暢通。由于ECD的排放物有一定的放射性，所以ECD出口是引到室外的。當時是秋冬之交，雨水進入到ECD排出口之后凍住了，因此造成儀器ECD的出口堵塞，柱頭壓居高不下，氣體在氣路中無法流動，也就無法載樣品到檢測器，所以不出峰。
普通填充柱的氣體樣品進樣量為0.1～1毫升，液體樣品為0.1～2毫升。進樣體積過大，會使峰形扁平甚至重疊，有時還會出現畸形峰，不利于測量面積。此外，火焰離子化檢定器的進樣量應比熱導池檢定器小。至于進樣速度，原則上要求越快越好，這樣可提高分離效果，降低進樣誤差。
樣品中含有兩種待分離陰離子，基中體積較大的A與固定相的正電荷作用力較大，而體積較小的B作用力小。在樣品進入色譜柱后，陰離子A、B與流動相陰離子一同前進，三種離子不斷的交替占據與固定相陽離子相吸的位置；樣品陰離子A與正電荷的作用力較大因而移動較慢，而B移動較快，從而實現了分離。因為流動相陰離子的數量有優勢，所以樣品陰離子A、B都分流出色譜柱，對在不同時間流出色譜柱，對在不同時間流出色譜柱的樣品離子進行檢測，就可以知道樣品組分的種類與含量。
