專業城市污水處理設備在兩相厭氧反應器運行中控制兩相分離的方法有：物理化學法和動力學控制法。
1、物理化學法在產酸相反應器中投加產甲烷細菌的選擇性 抑制劑來抑制產甲烷細菌的生長，或者調整反應器內的氧化還原電λ，利用產甲烷細菌對溶解氧和氧化還原電λ比較敏感的特點來抑制其在產酸相反應器中的生長；或者調整產酸相反應器的pH值在較低水平(如5．5～6．5之間)，利用產甲烷細菌要求中性偏堿的pH值的特點來保證在產酸相反應器中產酸細菌占優勢而產甲烷細菌受到抑制；采用可通透有機酸的選擇性半透膜，使得產酸相的末端產物中只有有機酸才能進入后續的產甲烷相反應器，從而實現產酸相和產甲烷相分離。這些方法均是選擇性地促進產酸細菌在產酸相反應器中的生長，而在一定程度上抑制產甲烷細菌的生長，或者是選擇性地促進產甲烷細菌在產甲烷相反應器中生長，以實現產酸細菌和產甲烷細菌的分離，從而達到相分離的目的。
專業城市污水處理設備動力學控制法產酸細菌和產甲烷細菌在生長速率上存在著很大的差異，一般來說，產酸細菌的生長速率很快，其世代時間較短，一般在10～30min范Χ內；而產甲烷細菌的生長很緩慢，其世代時間相當長，一般在4～6d。因此，將產酸相反應器的水力停留時間控制在一個較短的范Χ內，可以使世代時間較長的產甲烷。
