(1)要配備專門人員管理維護凈化系統。
(2)應制訂適合各單位具體情況的手術室凈化系統運行管理制度，如崗位責任制度，交接班制度，檢測制度，設備維護、檢修制度等。
(3)應強調各工種間的相互配合。
在潔凈手術室的日常運行中，除需嚴格遵守各項規章制度外，還應注意以下問題:
1)潔凈手術室系統在調整完畢后，應將調節閥門加以固定，運行中不得隨意改動。當一個系統中連接有幾個排氣點時，若某一排氣點的工藝設備停止運行，該排氣罩也不宜關閉，以免改變其它排氣罩的排風量。
2)一般除塵裝置應在凈化設備啟動之前啟動，在潔凈手術室設備停止運行5分鐘后再關閉，以防止粉塵等物質在設備和風管內沉積。為防止電動機啟動時過載，特別是對于高溫煙氣凈化系統，可調節總閥門開度，在減小風量情況下啟動。
3)運行時應記好運行日志。日志內容包括換班時間與文接班情況，當班時間內設備運行情況，各種設備的啟停時間及其原因等.，當設備發生故障時，應詳細記載發生故障的原因、情況及對檢修的參考意見等， 潔凈手術室運行時要記錄凈化系統的有關參數。
4)應加強潔凈手術室設備的日常維護。日常維護的主要任務是消除設備、管道、排氣罩、清掃孔、觀察孔、排灰閥等處的漏風，調節好系統的供液量、風量和風壓。排除一切可能發生的故障隱患。
5)定期清除管道內和設備內的積塵等沉積物.
6)加強設備的檢修，要根據實際情況決定手術室凈化檢修的內容、時間、方法和要求等。
