在線離子色譜儀混合物中組分有不同保留性能的色譜柱，使各組分分離，依次導入檢測器，以得到各組分的檢測信號。按照導入檢測器的先后次序，經過對比，可以區別出是什么組分，根據峰高度或峰面積可以計算出各組分含量。通常采用的檢測器有：熱導檢測器，火焰離子化檢測器，氦離子化檢測器，超聲波檢測器，光離子化檢測器，電子捕獲檢測器，火焰光度檢測器，電化學檢測器，質譜檢測器等。
在線離子色譜儀
所有的離子化合物（有機離子、無機離子、強酸和強堿）以及可被解離的化合物（弱酸和弱堿）的水溶液都能夠導電。電導檢測器就是以離子色譜流動相中導電的變化作為定量的依據的。電導檢測器的結構比較簡單、檢測池在兩個電極中間，當在電極上加上電壓時，檢測池內溶液中的離子就會產生運動。通過對運動產生的電流的測量就可以知道溶液中離子的濃度。而如果流動相的導電性很高，而樣品的導電性較低，那么電導檢測器就不會有效的檢測出樣品離子的濃度。因此，人們在色譜柱和電導檢測器之間加上了一個抑制柱，它可以改變流動相和樣品的導電性，從而使樣品離子得到靈敏的檢測。
分離系統是色譜儀的心臟部分。其作用就是把樣品中的各個組分分離開來。分離系統由柱室、色譜柱、溫控部件組成。其中色譜柱是色譜儀的核心部件。色譜柱主要有兩類：填充柱和毛細管柱（開管柱）。柱材料包括金屬、玻璃、融熔石英、聚四氟等。色譜柱的分離效果除與柱長、柱徑和柱形有關外，還與所選用的固定相和柱填料的制備技術以及操作條件等許多因素有關。
