醫(yī)院的污水，除一般生活污水外，還含有化學物質(zhì)、放射性廢水和病原體。因此，必須經(jīng)過處理后才能排放，特別是肝炎等傳染病病房排出來的污水，須經(jīng)消毒后才可排放。無集中式污水處理設備的醫(yī)院，對有傳染性的糞便，必須單獨消毒使其無害化。對含放射性同位素的污水，應按同位素處理要求處理。醫(yī)院污水在處理過程中，沉淀的污泥含有大量的細菌、病毒和寄生蟲卵，須經(jīng)消毒（常用熟石灰消毒）或高溫堆肥后方可用作肥料。
醫(yī)院污水處理的目的是通過采用各種水處理技術去除水中的污染物，以達到排放標準。現(xiàn)代污水處理技術，按處理程度劃分，可分為一級、二級和三級處理。
一級處理：
一級處理為物理處理法，主要去除污水中呈懸浮狀態(tài)的固體污染物質(zhì)。經(jīng)過一級處理后的污水，BOD一般可去除30%左右，達不到排放標準。

二級處理：
二級處理主要去除污水中呈膠體和溶解狀態(tài)的有機污染物質(zhì)，去除率可達90%以上，使有機污染物達到排放標準。處理工藝流程為一級處理加生物處理，生物處理采用活性污泥法和生物膜法等。

三級處理：
三級處理，主要是進一步處理難降解的有機物、磷和氮等能夠?qū)е滤w富營養(yǎng)化的可溶性無機物等。主要方法有生物脫氮除磷法、混凝沉淀法、砂濾法、活性炭吸附法、離子交換法和電滲析法等。

其他處理：
普通病房等一般生活污水先經(jīng)化糞池處理；傳染病門急診和病房的污水應單獨收集處理；廚房食堂的污水應經(jīng)設隔油設備處理；放射性廢水應單獨收集處理等。

消毒處理：
消毒工藝是污水處理的后一步，主要是殺滅污水中的致病微生物和糞大腸菌群，以達到排放標準的要求。