主導產品:二氧化氯發生器|自來水廠消毒設備|醫院污水處理設備|小區污水一體化處理設備|游泳池水消毒設備|等專業水消毒殺菌設備。
西安市牙科醫院污水處理設備生產型號配置
實驗室AO反應器流程圖
1.2 DNA提取及PCR擴增
DNA提取采用PowerSoil® DNA Isolation Kit試劑盒,按照試劑盒流程提取DNA。以所提取各樣品DNA為模版,對其16S rDNA V4區擴增。反應體系為30 μL,上游引物為EUb341f:5′-cctacgggaggcagcag-3′,下游引物為Eub907r:5′-ccgtcaattcctttgagttt-3′。PCR擴增管中添加DNA模板0.5 μL,正反向引物各0.6 μL,滅菌水22.4 μL,dNTP 2.4 μL,3 μL緩沖液,ExTaq酶0.5 μL。PCR反應程序:先94 ℃預變性10 min,然后進行30個循環(94 ℃變性1 min,55 ℃退火1 min,72 ℃延伸1 min),后72 ℃延伸10 min。
擴增結束后,運用1%瓊脂糖凝膠電泳對PCR產物進行檢測,使用Axyprep DNA凝膠回收試劑盒(AXYGEN)切膠回收DNA。PCR擴增后的條帶亮度明顯,位置清晰,可直接用于后續測序分析。委托北京理化分析測試中心進行Illumina MiSeq高通量測序。
高通量測序數據分析
本研究采用Illumina MiSeq PE2 × 125測序方法進行測序。測序數據下機后,根據Barcode拆分不同樣本數據,并去除Barcode序列及引物序列,利用FastQC對序列進行質量控制。使用FLASH(v1.2.7,ccb.jhu.edu/software/FLASH/)根據overlap拼接Miseq雙端測序數據,拼接成功率控制在90%以上。利用QIIME(1.8,qiime.org/)過濾低質量序列,利用UCLUST對獲得的高質量序列進行操作分類單元(OTU)劃分,97%作為相似性閾值,并將獲得的OTU與SILVA非冗余度0.9的16S序列數據庫比對,獲得各OTU代表序列的分類信息。基于OTU的聚類結果,使用QIIME(1.8,qiime.org/)軟件計算各個樣本α多樣性,以反映本次測序深度、物種均勻性等,并根據注釋結果,計算樣本間距離矩陣,進行PCA可視化。利用ANOVA(analysis of variance)方法計算污水廠與反應器中門和綱水平上物種注釋的豐度差異情況。利用冗余分析(RDA)解析微生物與環境因子的相關性。實驗設計原始數據上傳NCBI網zhan,數據項目編號(BioSample accession)為SAMN08107549。
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