醫院污水處理流程選擇是醫院污水處理設計的關鍵，流程是否合理將直接影響處理效果、工程投資、運行費用以及管理安全等問題。確定工藝流程要依據醫院的性質、處理要求、排污去向以及技術經濟條件等因素，其基本原則是：
一、根據醫院污水的排向和處理要求確定醫院污水處理的級別。如醫院污水是排入城市下水道，則根據《污水排入城市下水道的水質標準》和《醫院污水排放標準》要求，可采用一級處理消毒的工藝流程。如污水是直接排入地面水體，則應按《污水綜合排放標準》要求進行處理，通常需要用二級處理消毒工藝。如有特殊要求時，甚至需要采用三級處理工藝，如在水源二級保護區以外的地面水三級水域或污水回用時。
二、根據醫院污水排出口的標高和所接入的城市下水道的標高之差，確定是采用自排式還是提升式的消毒工藝。高差大于600mm即可以采用虹吸定比自排式消毒工藝，高差較小時可采用超聲波自動定比投氯消毒工藝或提升式定比投氯消毒工藝。
三、根據醫院性質、規模和技術經濟條件選擇消毒劑的種類。一般大中型醫院推薦使用消毒工藝。在人口稠密的地方可采用次氯酸鈉消毒工藝。有條件的傳染病醫院可采用臭氧消毒工藝、小型醫院可采用氯片消毒工藝。四、放射性廢水、重金屬廢水及其他特殊廢水應分別采取相應的處理工藝，如放射性廢水采舊衰變貯存池處理，重金屬廢水可采用化學法或離子交換法處理。
MBR醫院污水處理工藝：
MBR是將膜分離技術與生物反應器結合在一起的新型污水處理工藝。比傳統活性污泥工藝中的二沉池，可進行高效的固液分離，克服了傳統工藝中出水水質不夠穩定、污泥容易膨脹等不足。
MBR醫院污水處理工藝優點：
抗沖擊負荷能力強，出水水質優質穩定，可以*去除SS，對細菌和病毒也有很好的截留效果
反應器水力停留時間(HRT)污泥齡(SRT)的*分離，使運行控更加靈活穩定；生物反應器內微生物量濃度高，可高達10g/L以上，處理裝置容積負荷高，占地面積小，減小了硝化所需體積
MBR剩余污泥產量低，甚至無剩余污泥排放，降低了污泥處理費用
利于增殖緩慢的微生物的截留和生長，系統硝化效率提高。可延長一些難降解有機物在系統中的水力停留時間，有利于難降解有機物降解效率的提高
適用范圍
適用于300床以下小規模的醫院污水處理工程，尤其適用于場地面小、水質要求高等的情況。
