醫院污水處理流程選擇是醫院污水處理設計的關鍵，流程是否合理將直接影響處理效果、工程投資、運行費用以及管理安全等問題。確定工藝流程要依據醫院的性質、處理要求、排污去向以及技術經濟條件等因素，其基本原則是:
一、根據醫院污水的排向和處理要求確定的級別。如醫院污水是排入城市下水道，則根據《污水排入城市下水道的水質標準》和《醫院污水排放標準》要求，可采用一級處理消毒的工藝流程。如污水是直接排入地面水體，則應按《污水綜合排放標準》要求進行處理，通常需要用二級處理消毒工藝。如有特殊要求時，甚至需要采用三級處理工藝，如在水源二級保護區以外的地面水三級水域或污水回用時。
二、根據醫院污水排出口的標高和所接入的城市下水道的標高之差，確定是采用自排式還是提升式的消毒工藝。高差大于600mm即可以采用虹吸定比自排式消毒工藝，高差較小時可采用超聲波自動定比投氯消毒工藝或提升式定比投氯消毒工藝。
三、根據醫院性質、規模和技術經濟條件選擇消毒劑的種類。一般大中型醫院*使用液氯消毒工藝。在人口稠密的地方可采用次氯酸鈉消毒工藝。有條件的傳染病醫院可采用臭氧消毒工藝、小型醫院可采用氯片消毒工藝。四、放射性廢水、重金屬廢水及其他特殊廢水應分別采取相應的處理工藝，如放射性廢水采舊衰變貯存池處理，重金屬廢水可采用化學法或離子交換法處理。流程如下:
一、一級處理流程
的一級處理通常包括化糞池、沉淀池、雙層沉淀池或是調節池等處理沒施。在一些簡易中，有的不設置沉淀池和調節池，而是利用化糞池作為一級處理設施。化糞池出水經過格柵、定量池(或集水井)直接進入氯化接觸池。
二、二級處理流程
當醫院污水一級處理出水不能滿足排放標準水質要求時，通常采用二級處理流程，即通過生物處理去除醫院污水中的有機污染物，如BOD5、COD、酚、LAS等。二級處理出水水質改善，還可以減少消毒劑用量，提高消毒效果。醫院醫水采用的二級處理方法有生物接觸氧化法、生物轉盤法、塔式生物濾池法、射流曝氣法和氧化溝法等。
三、總流程
系統除了包括含菌污水的處理和消毒外，對其他各種特除排水根據需要還應單獨處理，如含有重金屬的廢水，放射性廢水、含油廢水和洗印廢水等。重金屬廢水來自牙科治療和化驗室，含有汞，鉻等有害污染物，可用化學沉淀法或離子交換法處理。放射性哎水來自同位素治療和診斷。低濃度放射性廢水采用衰變池處理，或用化學共沉淀法、離子交換法處理。含油廢水來自廚房食堂，一般采用隔油池處理。洗印廢水來自照片洗印，含有銀、顯影劑、定影劑等仃害物質、含銀廢水可采用電解法回收銀，顯影劑可用化學氧化法處理。
